Нет вывода при циклическом просмотре множества файлов с использованием скрипта awk

У меня есть 50 текстовых файлов, которые выглядят так. Все имена файлов начинаются с ENSG00000...

"number"    "variant_id"    "gene_id"   "tss_distance"  "ma_samples"    "ma_count"  "maf"   "pval_nominal""slope"   "slope_se"  "hg38_chr"  "hg38_pos"  "ref_allele"    "alt_allele"    "hg19_chr"  "hg19_pos"  "ID"    "new_MAF"   "CHROM" "POS"   "REF"   "ALT"   "A1"    "OBS_CT"    "BETA"  "SE"    "P" "SD"    "Variance"
"14"    6253456 "chr1_17726150_G_A_b38" "ENSG00000186715.10"    955913  68  78  0.0644628   0.895156    0.0139683   0.105945    "chr1"  17726150    "G" "A" "chr1"  18052645    "rs260514:18052645:G:A0.058155  1   18052645    "G" "A" "G" 1597    0.0147047   0.0656528   0.822804    2.62364886486368    6.88353336610048

Я хочу избавиться от речевых меток, окружающих каждое значение в файле, поэтому это выглядит так, как показано ниже. Я использую приведенный ниже сценарий, который работает, когда я пытаюсь использовать один файл.

number  variant_id  gene_id  tss_distance   ma_samples  ma_count    maf pval_nominal slope  slope_se    hg38_chr    hg38_pos    ref_allele  alt_allele  hg19_chr    hg19_pos    ID  new_MAF CHROM   POS REF ALT A1  OBS_CT  BETA    SE P    SD Variance
14  6253456 chr1_17726150_G_A_b38   ENSG00000186715.10  955913  68  78  0.0644628   0.895156    0.0139683   0.105945    chr1    17726150    G   A   chr1    18052645    rs260514:18052645:G:A0.058155   1   18052645    G   A   G   1597    0.0147047   0.0656528   0.822804    2.62364886486368    6.88353336610048

Однако я хочу применить awk-скрипт ко всем 50 файлам через цикл. Однако, когда я использую приведенный ниже сценарий, я не получаю никаких результатов.

#!/bin/bash
#PBS -N Edit
#PBS -l walltime=01:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l vmem=10gb
#PBS -m bea

for i in ENSG00000*; do
    awk '{ gsub(/"/, ""); print }' > $i.out
done

пожалуйста, обновите вопрос, чтобы показать ваш awk вызов для одного файла

markp-fuso 21.11.2022 00:31

Вы забыли ввести awk, например. awk '{ gsub(/"/, ""); print }' "${i}" > $i.out

Andre Wildberg 21.11.2022 00:31

Кстати (не связанный с вашим вопросом), вы также забыли уловить случай, что у вас нет файлов для обработки в вашем каталоге.

user1934428 21.11.2022 13:59
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
3
52
4
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 4

Ответ принят как подходящий

Вы забыли указать входной файл для сканирования awk. Пытаться:

for i in ENSG00000*; do
    awk '{ gsub(/"/, ""); print }' $i > $i.out
done

Просто быстрое редактирование должно быть

HKJ3 21.11.2022 14:28

для i в ENSG00000*; do awk '{gsub(/"/, ""); print }' "${i}" > "${i}"_out.txt готово

HKJ3 21.11.2022 14:28

Возможно, это все, что вам нужно

sed -i '' 's/"//g' ENSG00000*

если вы хотите, чтобы файл редактировался на месте.

Использование awk только для удаления определенных символов — это излишество. Почему бы вам просто не сделать

tr -d '"' <$i >$i.out

?

Предлагаю скрипт awk без зацикливания:

awk -i inplace '{ gsub(/"/, ""); print }' ENSG00000*

Но решение sed выше является лучшим:

sed -i '' 's/"//g' ENSG00000*

Другие вопросы по теме