Network3D и RMarkdown: SankeyDiagram не отображается в (связанном) html файле (локальном и rBrowser)

Как указано в заголовке, я не могу создать диаграмму sankey в моем html файле (связать RMarkdown). График создается в консоли R, но даже не в Rbrowser после вязания.

Вот код:

sankeyNetwork(Links = sank$links, Nodes = sank$nodes, Source = "source",
          Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
          units = "Nb patients", fontSize = 14, nodeWidth = 30)

и проблеск данных:

> lapply(sank,head)
$`links`
  Source variable value source target
1 Adulte venuLUIM  6445      0      2
2 Enfant venuLUIM  5248      1      2
3 Adulte  venuASS   324      0      3
4 Enfant  venuASS   373      1      3
5 Adulte    venuG  3069      0      4
6 Enfant    venuG  2398      1      4

$nodes
         name
1      Adulte
2      Enfant
3 De lui même
4 Association
5 Généraliste
6    Pédiatre

Вот мои варианты вязания:

options(max.print = "75")
opts_chunk$set(echo=FALSE,
             cache=TRUE,
           prompt=FALSE,
           tidy=TRUE,
           comment=NA,
           message=FALSE,
           warning=FALSE)
opts_knit$set(width=75)

Упрощенная копия моего документа Rmd: --- title: "AnDDi-Rares: 10 лет CEMARA" дата: "r Sys.Date()" вывод: rmdformats :: материал: выделите: Кейт ---

            ```{r knitr_init, echo=FALSE, cache=FALSE}
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(library(knitr)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(library(rmdformats)))
            source("multiplot.r")

            ## Global options
            options(max.print = "75")
            opts_chunk$set(echo=FALSE,
                             cache=TRUE,
                           prompt=FALSE,
                           tidy=TRUE,
                           comment=NA,
                           message=FALSE,
                           warning=FALSE,out.width = '60%')
            opts_knit$set(width=75)

            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(RJDBC)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(lubridate)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(rgdal)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(maptools)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(RColorBrewer)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(ggplot2)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(wordcloud)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(sjPlot)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(sqldf)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(plyr)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(dplyr)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(rgeos)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(rworldmap)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(scales)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(grid)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(gridExtra)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(igraph)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(networkD3)))
            suppressWarnings(suppressPackageStartupMessages(require(sjplot)))


            ```

            ## 4.2. Patients administrative information (number, age, sex)
            ### Figure 1: Number of patients in database

            ```{r nb_Patients_administrative_information}

            # 4.2.  Patients administrative information (number, age, sex)----
            ```

            ### Figure 2: Age pyramid

            ```{r pyramid_age}

            ```

            ### Figure 3: Through-time analysis of the sex ratio

            ```{r sex_ratio}

            ```


            ## 4.3. Diagnosis

            ```{r diagnosis}

            ```

            ### RD coverage in France (`r length(unique(tab_final_lib$num_orpha)) ` diseases)
            ####    Most frequent  

            ```{r top20-diag}

            ```

            #### Less frequent

            ```{r bottom20-diag}

            ```

            ### Patients counts, prevalence by group, AnDDI-RARE vs. whole CEMARA and Orphanet

            ```{r tableau_full}

            ```


            ## 4.4. Activities

            ```{r Activities}

            ```


            # 5.    A large cohort experience
            ## 5.1. Data submitters
            ### o   Number of users of CEMARA : A through time analyse

            ```{r Data_submitters}


            ```


            # 6.    Care organization
            ## Access to expert consultations:
            ### How is the patient oriented to the experts?

            ```{r care_orga}

            URL <- paste0('https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/',
                          'master/JSONdata/energy.json')
            energy <- jsonlite::fromJSON(URL)

            # Plot
            sankeyNetwork(Links = energy$links, Nodes = energy$nodes, Source = 'source',
                         Target = 'target', Value = 'value', NodeID = 'name',
                         units = 'TWh', fontSize = 12, nodeWidth = 30)
            ```

И информация о моей сессии:

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252     LC_MONETARY=French_France.1252
[4] LC_NUMERIC=C                   LC_TIME=French_France.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] bindrcpp_0.2.2     dplyr_0.7.7        networkD3_0.4      igraph_1.2.2      
[5] gridExtra_2.3      scales_1.0.0       rworldmap_1.3-6    rgeos_0.4-1       
[9] plyr_1.8.4         sqldf_0.4-11       RSQLite_2.1.1      gsubfn_0.7        
[13] proto_1.0.0        sjPlot_2.6.1       wordcloud_2.6      ggplot2_3.1.0     
[17] RColorBrewer_1.1-2 maptools_0.9-4     rgdal_1.3-6        sp_1.3-1          
[21] lubridate_1.7.4    RJDBC_0.2-7.1      rJava_0.9-10       DBI_1.0.0         
[25] rmdformats_0.3.3   knitr_1.20

Вы должны опубликовать что-нибудь воспроизводимое. У нас нет объекта sank или упрощенной версии вашего документа.

user2554330 17.12.2018 15:01

Я отдал часть затонувшего объекта. Тем не менее, это не работает и с примером, приведенным в пакете. Я добавил упрощенный труп моего документа

Aman Gast 17.12.2018 17:07

В порядке. После многократного запуска скрипта и изменения таких параметров, как self_contain, с yes на no на yes: выход наконец становится видимым. Не знаю почему ....

Aman Gast 17.12.2018 18:05
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
3
361
0

Другие вопросы по теме