Networkx неправильно окрашивает края по атрибуту

Я пытаюсь изобразить транспортную сеть в networkx, и до сих пор у меня это хорошо получалось, но проблема в следующем: Я загрузил список краев из текстового файла, который имеет следующую форму:

61  1
54  79
66  134
68  57

и т. д. Кроме того, чтобы отобразить узлы сети в правильном положении, я загрузил и добавил в график txt с координатами узлов, который имеет следующий вид:

1   478947.434  4204495.502
2   478909.145  4204244.629
3   479065.936  4204709.003
4   478880.827  4204297.676
5   478993.409  4204167.957

После этого я запускаю следующий скрипт, и моя сеть отображается правильно с точки зрения положения.

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range

pos = {}
with open(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\nodes_coordinates.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)

print(pos)
network0 = nx.read_edgelist(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\init_edgelist.txt', create_using = nx.OrderedDiGraph)

nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = G, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')
         

plt.show()

Теперь я хочу правильно назначить «веса» каждому ребру и раскрасить его по этому атрибуту. Для каждого ребра есть 3 возможных результата: 0, 1 и 2, поэтому я хочу 3 разных цвета, например, красный для 0, зеленый для 1 и синий для 2. У меня есть словарь Python, подобный этому:

{0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0,...

и т. д. Первое значение (1.0) соответствует первому краю списка выше, второе (1.0) — второму и т. д. Но я вижу, что networkx этого не понимает и неправильно раскрашивает мою сеть. Я преобразовал словарь в список и сделал следующее:

var1 = G.values()
list1 = list(var1)
col = []
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        #col.append('r')
    else:
        #col.append('g') 
nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = col, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')

Я проверил результат, но соответствие не верное. Я думаю, что если в списке 32 '0, он окрашивает 32 ребра тем цветом, который я ему назначил, но не правильными. (Но каждый раз, когда я запускаю его, одни и те же 32 ребра окрашиваются таким образом, так что, вероятно, это не случайно.) Интересно, что не так. Я пробовал его также как словарь (не преобразовывая в список), но на самом деле цветов больше 3, я не знаю, почему. Должен ли я попытаться добавить эти значения (0, 1, 1, 2 и т. д.) в edgelist.txt, чтобы назначение было выполнено правильно?

Что такое переменная G?

willcrack 23.12.2020 13:19

G — это такой словарь: {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0,.... И что я хочу, так это назначить значения словаря один на один по краям. В списке краев столько же «элементов» словаря, сколько ребер, и я хочу, чтобы первое значение (1.0) было присвоено первому краю списка ребер при раскрашивании. А также окрашиваться в соответствии со словарным значением (0.0, 1.0 или 2.0).

AlexLiaz29 23.12.2020 13:42
Почему в Python есть оператор "pass"?
Почему в Python есть оператор "pass"?
Оператор pass в Python - это простая концепция, которую могут быстро освоить даже новички без опыта программирования.
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Некоторые методы, о которых вы не знали, что они существуют в Python
Python - самый известный и самый простой в изучении язык в наши дни. Имея широкий спектр применения в области машинного обучения, Data Science,...
Основы Python Часть I
Основы Python Часть I
Вы когда-нибудь задумывались, почему в программах на Python вы видите приведенный ниже код?
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
LeetCode - 1579. Удаление максимального числа ребер для сохранения полной проходимости графа
Алиса и Боб имеют неориентированный граф из n узлов и трех типов ребер:
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
Оптимизация кода с помощью тернарного оператора Python
И последнее, что мы хотели бы показать вам, прежде чем двигаться дальше, это
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Советы по эффективной веб-разработке с помощью Python
Как веб-разработчик, Python может стать мощным инструментом для создания эффективных и масштабируемых веб-приложений.
2
2
539
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Порядок ребер, передаваемых функциям рисования, важен.
Вы должны убедиться, что ваш список edge_color (col) находится в том же порядке, что и network0.edges, а это не так.

Это происходит потому, что network0.edges находится не в том же порядке, что и ваш файл init_edgelist.txt, как вы, вероятно, предполагали.

Чтобы проверить это, попробуйте распечатать network0.edges и сравнить.

Решение

Вместо этого я бы предложил добавить вес ребра с воображаемым цветом к краю при создании network0, например:

G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col = []
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        col.append('r')
    else:
        col.append('g') 


network0 = nx.OrderedDiGraph()
i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
    for line in f:
        n1, n2 = line.split()
        network0.add_edge(n1, n2, color = col[i])
        i += 1

Затем вам просто нужно извлечь цвета и нарисовать:

colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]

nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = colors, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')

полный код:

import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range

pos = {}
with open(r'nodes_coordinates.txt') as f:
    for line in f:
        node, x, y = line.split()
        pos[node] = float(x), float(y)

#print(pos)

G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col=[]
for n in range(len(list1)):
    if list1[n] == 0:
        col.append('b')
    elif list1[n] == 1:
        col.append('r')
    else:
        col.append('g') 

network0 = nx.OrderedDiGraph()

i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
    for line in f:
        n1, n2 = line.split()
        network0.add_edge(n1,n2, color=col[i])
        i += 1

#print(network0.edges())

colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]

nx.draw(network0,pos=pos,with_labels=True,edge_color=colors,edge_cmap=plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')

Проверьте это последнее редактирование, в другом была небольшая ошибка в коде.

willcrack 23.12.2020 15:45

Прежде всего, большое спасибо за попытку решить мою проблему. Я написал этот последний скрипт, но, к сожалению, неправильно возвращает края... Первые 5 строк initial_edgelist.txt: 61 1 54 79 66 134 68 57 65 86. А когда я печатаю network0.edges, я вижу это: ('61', '1'), ('61', '69'), ('61', '60'), ('1', '128'), ('1', '75'). Я знаю, что, вероятно, это представление было бы лучше, так как сначала все ребра начинаются с 61, затем все ребра начинаются с 1 и т. д. Но я этого не хочу. Я очень ценю, что вы ответили на мой вопрос! Я совсем новичок в networkx.

AlexLiaz29 23.12.2020 23:17

Но проверили ли вы, есть ли у краев цвета, которые вы притворялись?

willcrack 23.12.2020 23:18

Я имею в виду, что этот ответ был предназначен для ответа на ваш вопрос, я просто дал вам проблему, стоящую за вашим кодом.

willcrack 23.12.2020 23:20

Не за что! Кроме того, я отредактировал свой ответ: я понимаю, почему вы думали, что мой ответ исправит порядок network0.edges(), но он просто предназначался для окрашивания краев именно так, как вы хотели.

willcrack 23.12.2020 23:21

Эм, моя вина, что я не попробовал! Ваш код делает то, что я хотел сделать! Большое спасибо.

AlexLiaz29 24.12.2020 02:31

Другие вопросы по теме