NPC не двигается к путевым точкам по порядку?

Неинтуитивно, порядок детей не определяется алфавитным порядком. Если вы посмотрите документы для Экземпляр: ПолучитьGhildren(), вы увидите это примечание:

The children are sorted by the order in which their Parent property was set to the object.

Поэтому, чтобы получить их в правильном порядке, вам нужно отсортировать список, прежде чем повторять его.

local raftHuman = script.Parent.Parent:WaitForChild("Rafthuman")
local nodes = script.Parent.Parent.Parent.Cartnodes
local children = nodes:GetChildren()
local sortedChildren = table.sort(children, function(a, b) 
    return a.Name < b.Name
end)
for i,node in ipairs(sortedChildren) do
    if node:IsA("BasePart") then
        print(node.Name)
        raftHuman:MoveTo(node.Position)
        raftHuman.MoveToFinished:Wait()
        node:Destroy()
    end
end