Нужно 3 цифры в столбце в CSV-файле

Используйте оператор -f ( формат ) с переменной

то есть

[int] $int = 25;

"{0:D3}" -f $int

Здесь 3 - количество цифр, а вывод будет:

025

Есть несколько способов применить изменения к CSV-файлу.

Чтение/импорт в переменную, изменение имени, переменная Export-Csv

$Csv = Import-Csv .\Sample.csv
$Csv | ForEach-Object{ $_.Name = $_.Name.PadLeft(3,'0') }
$Csv | Export-Csv .\NewSample.csv -NoTypeInformation

Сделайте то же самое на лету с вычисляемым свойством, повторно используя одно и то же имя заголовка/свойства.

Import-Csv .\Sample.csv | 
  Select-Object @{n='Name';e = {$_.Name.PadLeft(3,'0')}},Count|
    Export-Csv .\NewSample2.csv -NoTypeInformation