Объединение регулярных и нерегулярных выражений в одной функции

У вас уже есть необходимая логика, чтобы это проверить, все, что вам нужно, это векторизовать ее.

replace_with_na <- function(value, target_string) {
  value[!(grepl('^\\d+$', value) | value %in% target_string)] <- NA
  value
}

Теперь вы можете применить эту функцию для каждого столбца, используя любую из функций apply* в базе R.

new_df <- mydf
new_df[] <- lapply(mydf, replace_with_na, target_string)
new_df

#  col1 col2
#1   54  100
#2 <NA>  200
#3  123  300
#4 <NA>  400
#5  zzz  500
#6    a  600
#7   99  700

Или, если вы предпочитаете dplyr, мы можем использовать across для достижения аналогичного результата.

library(dplyr)
mydf %>% mutate(across(everything(), \(x) replace_with_na(x, target_string)))

Вы можете заменить все элементы, не принадлежащие target_string и содержащие нецифровые символы.

mydf[sapply(mydf, \(x) grepl("\\D", x) & !x %in% target_string)] = NA

 col1 col2
1   54  100
2 <NA>  200
3  123  300
4 <NA>  400
5  zzz  500
6    a  600
7   99  700

Вы можете заранее сгенерировать шаблон регулярного выражения, а затем применить grepl, например:

patt <- sprintf(
  "^\\d+$|%s",
  paste0(sprintf("\\b%s\\b", target_string), collapse = "|")
)
list2DF(lapply(mydf, \(x) replace(x, !grepl(patt, x), NA)))

что дает

  col1 col2
1   54  100
2 <NA>  200
3  123  300
4 <NA>  400
5  zzz  500
6    a  600
7   99  700