Я пытаюсь создать образ докера, который мог бы работать и в сингулярности для программного обеспечения Whippet (https://github.com/timbitz/Whippet.jl). Образ докера работает нормально, но когда я пытаюсь использовать его с сингулярностью (singularity-ce версии 3.9.5), он не может написать manifest_usage.toml (это понятно, так как в сингулярности команда выполняется пользователем и не рутом как в докере).
Вот мой Dockerfile:
FROM julia:bullseye
LABEL version=v1.6.1
RUN apt-get update && apt-get install -y git
RUN mkdir /depot
ENV JULIA_PATH=/usr/local/julia
ENV JULIA_DEPOT_PATH=/depot
ENV JULIA_PROJECT=/whippet
RUN mkdir /whippet/ && cd /whippet && \
git clone --depth 1 --branch v1.6.1 https://github.com/timbitz/Whippet.jl.git . && \
julia --project=/whippet -e 'using Pkg; Pkg.instantiate(); Pkg.precompile();'
RUN chmod 777 -R /depot/
ENV PATH = "/whippet/bin/:${PATH}"
RUN whippet-quant.jl -h || echo "Done"
RUN whippet-index.jl -h || echo "Done"
RUN whippet-delta.jl -h || echo "Done"
ENTRYPOINT ["whippet-quant.jl"]
Какие-либо предложения?
Я пытался использовать разные местоположения для JULIA_DEPOT_PATH (также по умолчанию ~/.julia), создавая нового пользователя, но у меня возникла та же проблема. команда
docker run cloxd/whippet:1.6.1 -h
работает хорошо, тем временем та же команда с сингулярностью вызывает следующую ошибку
singularity run docker://cloxd/whippet:1.6.1
INFO: Using cached SIF image
Whippet v1.6.1 loading...
Activating project at `/whippet`
ERROR: LoadError: SystemError: opening file "/depot/logs/manifest_usage.toml": Read-only file system
Stacktrace:
[1] systemerror(p::String, errno::Int32; extrainfo::Nothing)
@ Base ./error.jl:176
[2] #systemerror#80
@ ./error.jl:175 [inlined]
[3] systemerror
@ ./error.jl:175 [inlined]
[4] open(fname::String; lock::Bool, read::Nothing, write::Nothing, create::Nothing, truncate::Nothing, append::Bool)
@ Base ./iostream.jl:293
[5] open(f::Pkg.Types.var"#44#46"{String}, args::String; kwargs::Base.Pairs{Symbol, Bool, Tuple{Symbol}, NamedTuple{(:append,), Tuple{Bool}}})
@ Base ./io.jl:382
[6] write_env_usage(source_file::String, usage_filepath::String)
@ Pkg.Types /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/Types.jl:487
[7] Pkg.Types.EnvCache(env::Nothing)
@ Pkg.Types /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/Types.jl:345
[8] EnvCache
@ /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/Types.jl:325 [inlined]
[9] add_snapshot_to_undo(env::Nothing)
@ Pkg.API /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/API.jl:1862
[10] add_snapshot_to_undo
@ /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/API.jl:1858 [inlined]
[11] activate(path::String; shared::Bool, temp::Bool, io::Base.TTY)
@ Pkg.API /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/API.jl:1700
[12] activate(path::String)
@ Pkg.API /usr/local/julia/share/julia/stdlib/v1.8/Pkg/src/API.jl:1659
[13] top-level scope
@ /whippet/bin/whippet-quant.jl:12
in expression starting at /whippet/bin/whippet-quant.jl:12
Наконец-то я нашел работающее решение: после инициализации достаточно добавить /tmp/ в JULIA_DEPO_PATH и Джулия использует /tmp/logs/manifest_usage.toml вместо защищенного /depot/logs/manifest_usage.toml. Для ясности вот Dockerfile
FROM julia:bullseye
LABEL version=v1.6.1
RUN apt-get update && apt-get install -y git
RUN mkdir /depot
ENV JULIA_PATH=/usr/local/julia
ENV JULIA_DEPOT_PATH=/depot
ENV JULIA_PROJECT=/whippet
RUN mkdir /whippet/ && cd /whippet && \
git clone --depth 1 --branch v1.6.1 https://github.com/timbitz/Whippet.jl.git . && \
julia --project=/whippet -e 'using Pkg; Pkg.instantiate(); Pkg.precompile();'
RUN chmod 777 -R /depot/
ENV PATH = "/whippet/bin/:${PATH}"
RUN whippet-quant.jl -h || echo "Done"
RUN whippet-index.jl -h || echo "Done"
RUN whippet-delta.jl -h || echo "Done"
ENV JULIA_DEPOT_PATH = "/tmp/:${JULIA_DEPOT_PATH}"
ENTRYPOINT ["whippet-quant.jl"]