Очистка вложенных операторов if, чтобы сделать их более читабельными?

Как упоминалось в комментарии, на данный момент уровень отступа в порядке, но всегда лучше по возможности свести к минимуму, особенно когда вы повторяете одни и те же блоки кода.

Лучший способ сделать это — написать отдельную функцию, содержащую этот блок кода, а затем вызвать эту функцию вместо вложенных операторов if.

В вашем случае это будет примерно так:

private async void checkTotalDiff(diffReport) {
      ...
}

Вы можете передать все, что вам может понадобиться в параметрах. Таким образом, в вашем основном коде вы можете заменить операторы if на checkTotalDiff(diffReport) и сохранить результат (если он есть) в переменной.

Также обратите внимание, что я использовал void для возврата, но вы можете изменить тип в зависимости от того, что возвращает функция.

Я бы не стал рассматривать это как чрезмерное количество вложенных операторов if. Это хорошо, как есть. В противном случае вы можете сделать следующее (также предложено @Caius Jard):

public async Task FirstDiffTestAsync()
{
    string folderDir = "../../../";
    string correctReportDir = folderDir + "Reports To Compare/Testing - Copy.pdf";
    string OptyNumber = "122906";

    //Making a POST call to generate report
    string result = ReportGeneration(OptyNumber).Result;
    Response reportResponse = JsonConvert.DeserializeObject<Response>(result);
    
    //Checking if the Integration failed
    if (reportResponse.Error != null)
    {
        LogTesting($" Integration Failed: {reportResponse.Error}", w);
        Assert.IsNull(reportResponse.Error);
        return;
    }

    string newURL = reportResponse.documentUrl;

    //Logging the Response to a text file for tracking purposes
    await File.WriteAllTextAsync(Context.TestRunDirectory + "/REST_Response.txt", result);

    using (StreamWriter w = File.AppendText(Context.TestDir + "/../log.txt"))
    {
        //now we have the url, reading in the pdf reports
        List<string> Files = new List<string> { correctReportDir, newURL };
        List<string> parsedText = PdfToParsedText(Files);

        DiffPaneModel diff = InlineDiffBuilder.Diff(parsedText[0], parsedText[1]);

        // DiffReport is a customised object
        DiffReport diffReport = new DiffReport(correctReportDir, newURL);
        diffReport.RunDiffReport(diff);

        //In-test Logging
        string indent = "\n      - ";
        string logMsg = $"{indent}Opty Number: {OptyNumber}{indent}Activity Number: {reportResponse.ActivityNumber}{indent}File Name: {reportResponse.FileName}";
        if (diffReport.totalDiff != 0)
        {
            await File.WriteAllTextAsync(Context.TestRunDirectory + "/DiffReport.html", diffReport.htmlDiffHeader + diffReport.htmlDiffBody);
            logMsg += $"{indent}Different lines: {diffReport.insertCounter} Inserted, {diffReport.deleteCounter} Deleted";
        }
        LogTesting(logMsg, w);

        //Writing HTML report conditionally
        if (diffReport.totalDiff != 0)
        {
            await File.WriteAllTextAsync(Context.TestRunDirectory + "/DiffReport.html", diffReport.htmlDiffHeader + diffReport.htmlDiffBody);
        }
        Assert.IsTrue(diffReport.insertCounter + diffReport.deleteCounter == 0);
    }
}