Ошибка при запуске summary() для объекта lme4 (ошибка в Diag(from, Names = FALSE): объект unpackedMatrix_diag_get не найден)

Я не могу получить summary() модели lme4. Всякий раз, когда я запускаю функцию summary объекта lme4, я получаю ошибку:

Ошибка в диагнозе (от, имена = ЛОЖЬ): объект «unpackedMatrix_diag_get» не найден

Я не могу отследить проблему, поэтому ниже написал код, который генерирует ошибку, и включил все пакеты, которые загружаются непосредственно в код. Примечание. модель не сходится, но я получаю ту же ошибку для сходящихся моделей.


# packages
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(psych)
library(lavaan)
library(semPlot)
library(qpcR)
library(brms)
library(lme4)

partid <- c("A","B","C","D","A","B","C","D") 
count <- c(13, 41, 33, 37, 60, 41, 41, 39) 
side <- c("L","L","L","L","R","R","R","R") 

dat <- data.frame(partid, count, side)

mod <- lme4::lmer(count~ side + (1 | partid)) 
summary(mod)

Вот результат sessionInfo():

R version 4.3.3 (2024-02-29)
Platform: x86_64-apple-darwin20 (64-bit)
Running under: macOS Sonoma 14.2.1

Matrix products: default
BLAS:   /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib 
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/lib/libRlapack.dylib;  LAPACK version 3.11.0

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

time zone: Europe/London
tzcode source: internal

attached base packages:
stats     
graphics  
grDevices 
utils     
datasets  
methods   
base     

other attached packages:
lme4_1.1-35.3     
brms_2.21.0       
Rcpp_1.0.12       
qpcR_1.4-1        
Matrix_1.6-5      
robustbase_0.99-2
rgl_1.3.1         
minpack.lm_1.2-4  
MASS_7.3-60.0.1   
semPlot_1.1.6     
lavaan_0.6-17     
psych_2.4.3      
kableExtra_1.4.0  
lubridate_1.9.3   
forcats_1.0.0     
stringr_1.5.1     
dplyr_1.1.4       
purrr_1.0.2      
readr_2.1.5       
tidyr_1.3.1       
tibble_3.2.1      
ggplot2_3.5.0     
tidyverse_2.0.0  

loaded via a namespace (and not attached):
tensorA_0.36.2.1       
rstudioapi_0.16.0      
jsonlite_1.8.8         
magrittr_2.0.3         
nloptr_2.0.3          
rmarkdown_2.26         
vctrs_0.6.5            
minqa_1.2.6            
base64enc_0.1-3        
rstatix_0.7.2         
htmltools_0.5.8.1      
distributional_0.4.0   
broom_1.0.5            
Formula_1.2-5          
StanHeaders_2.32.6    
htmlwidgets_1.6.4      
plyr_1.8.9             
igraph_2.0.3           
lifecycle_1.0.4        
pkgconfig_2.0.3       
R6_2.5.1               
fastmap_1.1.1          
OpenMx_2.21.11         
digest_0.6.35          
fdrtool_1.2.17        
colorspace_2.1-0       
Hmisc_5.1-2            
ggpubr_0.6.0           
fansi_1.0.6            
timechange_0.3.0      
abind_1.4-5            
compiler_4.3.3         
withr_3.0.0            
glasso_1.11            
htmlTable_2.4.2       
backports_1.4.1        
inline_0.3.19          
carData_3.0-5          
QuickJSR_1.1.3         
pkgbuild_1.4.4        
ggsignif_0.6.4         
corpcor_1.6.10         
gtools_3.9.5           
loo_2.7.0              
tools_4.3.3           
pbivnorm_0.6.0         
foreign_0.8-86         
zip_2.3.1              
nnet_7.3-19            
glue_1.7.0            
quadprog_1.5-8         
nlme_3.1-164           
lisrelToR_0.3          
grid_4.3.3             
checkmate_2.3.1       
cluster_2.1.6          
reshape2_1.4.4         
generics_0.1.3         
gtable_0.3.4           
tzdb_0.4.0            
data.table_1.15.4      
hms_1.1.3              
xml2_1.3.6             
car_3.1-2              
utf8_1.2.4            
sem_3.1-15             
pillar_1.9.0           
rockchalk_1.8.157      
posterior_1.5.0        
splines_4.3.3         
lattice_0.22-5         
kutils_1.73            
tidyselect_1.2.1       
pbapply_1.7-2          
knitr_1.45            
gridExtra_2.3          
svglite_2.1.3          
stats4_4.3.3           
xfun_0.43              
bridgesampling_1.1-2  
qgraph_1.9.8           
arm_1.14-4             
matrixStats_1.3.0-9001 
DEoptimR_1.1-3         
rstan_2.32.6          
stringi_1.8.3          
yaml_2.3.8             
boot_1.3-29            
evaluate_0.23          
codetools_0.2-19      
mi_1.1                 
buildmer_2.11          
cli_3.6.2              
RcppParallel_5.1.7     
rpart_4.1.23          
xtable_1.8-4           
systemfonts_1.0.6      
munsell_0.5.1          
coda_0.19-4.1          
png_0.1-8             
XML_3.99-0.16.1        
parallel_4.3.3         
rstantools_2.4.0       
jpeg_0.1-10            
bayesplot_1.11.1      
Brobdingnag_1.2-9      
viridisLite_0.4.2      
mvtnorm_1.2-4          
scales_1.3.0           
openxlsx_4.2.5.2      
rlang_1.1.3            
mnormt_2.1.1  

Я попытался решить проблему, переустановив lme4 и Matrix на случай, если они были причиной этого, но безуспешно.

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
2
0
86
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Я считаю, что пакет buildmer не синхронизирован с Matrix. Ранее это появлялось в списке проблем lme4 и было указано как проблема с buildmer. Кажется, в списке проблем со строителем ничего нет ...

Я запустил следующий код из чистого сеанса R:

library(lme4)
m1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), sleepstudy)
summary(m1)
library(buildmer)
m2 <- buildmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), sleepstudy)

который закончился

Ошибка в Diag(from, Names = FALSE): объект unpackedMatrix_diag_get не найден
Ошибка в tmp@call: нет применимого метода для @, примененного к объекту класса «попробуй-ошибка»

Затем я переустановил buildmer из исходного кода, перезапустил R и смог без проблем запустить пример.

У меня ваш пример тоже работает, после переустановки buildmer. (Я не пробовал перед переустановкой, и мне лень возвращаться и устанавливать несовпадающую пару Matrix/buildmer, чтобы посмотреть, смогу ли я повторить ошибку...)

Мне не совсем понятно, как вы загрузили buildmer (я вижу это в ваших выводах sessionInfo(), но оно не появляется, когда я загружаю только те пакеты, которые вы указали в своем примере...)

Ах, спасибо вам большое. Я бился головой о стену из-за этого1

Adam Parker 17.04.2024 23:38

Другие вопросы по теме