Ошибка sf: ошибка OGR: невозможно экспортировать в WKT

У меня проблемы с запуском sf на моем компьютере (версия R 4.3.3, Linux Ubuntu 22.04.4). При попытке импортировать шейп-файл с помощью st_read() я сталкиваюсь со следующими сообщениями об ошибках и предупреждениями:

> parks <- sf::st_read("Canada/PAs/ProtectedConservedArea_2023.gdb")

Multiple layers are present in data source /run/user/1472454/gvfs/smb-share:server=files.ok.ubc.ca,share=rsmarcus/GitHub/NDVI/Canada/PAs/ProtectedConservedArea.gdb, reading layer `ProtectedConservedArea'.
Use `st_layers' to list all layer names and their type in a data source.
Set the `layer' argument in `st_read' to read a particular layer.
Reading layer `ProtectedConservedArea' from data source 
  `/Canada/PAs/ProtectedConservedArea.gdb' using driver `OpenFileGDB'

Error: OGR error: cannot export to WKT
In addition: Warning messages:
1: In CPL_read_ogr(dsn, layer, query, as.character(options), quiet,  :
  automatically selected the first layer in a data source containing more than one.
2: In CPL_read_ogr(dsn, layer, query, as.character(options), quiet,  :
  GDAL Message 1: organizePolygons() received a polygon with more than 100 parts. The processing may be really slow.  You can skip the processing by setting METHOD=SKIP, or only make it analyze counter-clock wise parts by setting METHOD=ONLY_CCW if you can assume that the outline of holes is counter-clock wise defined
3: In CPL_read_ogr(dsn, layer, query, as.character(options), quiet,  :
  GDAL Error 1: PROJ: proj_as_wkt: std::bad_alloc

В настоящее время я использую sf версию 1.0-16 (с GEOS 3.12.1, GDAL 3.8.4 и PROJ 9.3.1) - эти ошибки появились только после недавнего обновления моих пакетов. До обновления своих пакетов я мог без проблем использовать все функции sf, включая импорт того же шейп-файла. Я пробовал обновить все свои пакеты на случай, если возникла проблема с зависимостью (с помощью функции update.packages()), но это не устранило проблему.

Я прикрепил строку воспроизводимого кода, используя шейп-файл охраняемых территорий Канады, который можно получить здесь: https://data-donnees.az.ec.gc.ca/data/species/protectrestore/canadian-protected -conserved-areas-database/Базы данных

library('sf')
parks <- sf::st_read("Canada/PAs/ProtectedConservedArea_2023.gdb")

Я надеюсь решить эту проблему, не прибегая к установке более старой версии пакета для запуска моего кода!

У меня работает с версией 1.0-16, до которой я только что обновился. Мои базовые версии библиотеки для sf: «Связывание с GEOS 3.10.2, GDAL 3.4.1, PROJ 8.2.1». Я получаю те же предупреждения OGR, что и вы, но не ошибку WKT. Это не что-то вроде того, что вам не хватает места на диске? Может быть, есть какой-то промежуточный этап, на котором нужно записать загрузку WKT? Теперь гадаю...

Spacedman 10.04.2024 23:08

Хм, этот текст ошибки появляется только здесь github.com/r-spatial/sf/blob/… что заставляет меня думать, что это связано с обработкой координатных ссылок. Моя система, кажется, справляется, создавая WKT crs на основе Canada Albers EA Conic...

Spacedman 10.04.2024 23:15

@Spacedman, я не думаю, что это связано с дисковым пространством, поскольку я запускаю его на машине с 500 ГБ ОЗУ, так что это не должно быть проблемой. у меня также есть GEOS 3.12.1, PROJ 9.3.1 и GDAL 3.8.4, поэтому SF должен работать с ними

rsmarcus 10.04.2024 23:38
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
3
99
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Хорошо, после многократных переустановок sf мне удалось заставить его работать. Я полагаю, что проблема связана с установкой GDAL: я снова установил GDAL, выполнив действия, описанные здесь, и после этого смог успешно загрузить и использовать sf.

Другие вопросы по теме