Ошибка слияния Git: «фатальная: отказ от слияния несвязанных историй» после слияния с флагом «--allow-unrelated-histories», разрешение конфликтов вручную

1. Предыстория

Я недавно перешел на новый компьютер, куда скопировал все файлы со своего старого. Короче говоря, я допустил несколько ошибок при правильной настройке удаленных репозиториев git и GitHub. Я думаю, что это началось с невозможности повторно подключиться к GitHub, и в итоге я удалил свою старую папку .git (вероятно, не самый мудрый шаг).

У меня есть две ветки master и apprentice, где я использую ветку apprentice для опробования вещей, а затем сливаюсь с master, когда получаю работающий код.

На своем новом компьютере я начал работать локально и перешел в локальную ветку ученика. Затем я попытался нажать на удаленную ветку, но это не сработало. Затем я принудительно нажал и в итоге перезаписал свою историю коммитов на ученике, фактически потеряв все коммиты в этой ветке до переключения компьютера. Это отстой, но я не видел способа исправить ущерб, и это не было ужасно важно, поскольку у меня был самый последний код. Поэтому я продолжал работать и делать коммиты для ученика.

2. Проблема

Моя текущая проблема связана с попыткой объединить изменения в ученике с мастером.

Поскольку вся история коммитов в apprentice была эффективно переписана, простое слияние не сработало, поэтому я попытался слить с помощью флага --allow-unrelated-histories. Это позволило продолжить слияние после ручного разрешения всех конфликтов слияния. Затем я смог завершить фиксацию и отправить ее на удаленный сервер, а в удаленной основной ветке теперь были добавлены изменения от ученика. (Разрешение конфликтов слияния, фиксация и отправка были выполнены в VS Code.)

Выход терминала:

% git checkout master
% git merge apprentice                       
fatal: refusing to merge unrelated histories

% git merge --squash --allow-unrelated-histories apprentice
Auto-merging .Rprofile
CONFLICT (add/add): Merge conflict in <myfile_1>
CONFLICT (add/add): Merge conflict in <myfile_2>
⋮
CONFLICT (add/add): Merge conflict in <myfile_n>
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.

После слияния и отправки я обновил все удаленные репозитории.

git push --all

Однако GitHub сообщает мне, что ученик «[все еще] на 6 коммитов впереди, на 19 коммитов позади мастера».*

Глядя на то, в чем эти различия, это говорит мне только о том, что сравнивать нечего, потому что ученик и мастер - это совершенно разные истории коммитов.

Поэтому я попытался снова объединиться (на этот раз нет --squash):

% git merge --no-ff -X theirs master
fatal: refusing to merge unrelated histories

% git merge --allow-unrelated-histories apprentice
Auto-merging .Rprofile
CONFLICT (add/add): Merge conflict in <myfile_1>
CONFLICT (add/add): Merge conflict in <myfile_2>
⋮
CONFLICT (add/add): Merge conflict in <myfile_n>
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.

Как и раньше, я приступил к разрешению конфликтов вручную в VS Code, зафиксировал изменения и отправил их на удаленный сервер. Это привело к тому, что коммиты на ученике были добавлены поверх предыдущего раздавленного коммита. Тем не менее, GitHub по-прежнему говорит мне, что мастер и ученик — это совершенно разные истории коммитов.

3. Вопросы

Это приводит меня к следующим вопросам:

1. Почему не разрешаются истории коммитов, когда конфликты слияния были разрешены и слияние завершено? При условии, что я уже завершил слияние, разрешив любые конфликты вручную, я бы подумал, что эта ошибка больше не должна возникать, что приводит меня ко второму вопросу:
2. Как я могу воссоздать историю коммитов, чтобы я мог продолжить слияние «обычно» (т.е. без флага --allow-unrelated-histories) при последующих слияниях двух ветвей?