Пакет R circlize: цвета тепловой карты цирка не отображаются

Я пытаюсь создать круговой график, используя пакет circlize. При использовании шестнадцатеричных цветовых кодов мой график ничего не показывает, но когда я использую настоящие названия цветов, он отображается. Это почему?

Код:

suppressPackageStartupMessages({
  library(tidyverse) 
  library(circlize) 
})

# input data
dput(annot)

structure(list(Case_type = c("Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", 
"Initial CNS Tumor", "Initial CNS Tumor", "no evidence of disease", 
"no evidence of disease", "no evidence of disease", "Progressive", 
"Progressive", "Progressive", "Progressive", "Progressive", "Progressive", 
"Progressive", "Progressive", "Progressive", "Progressive", "Recurrence", 
"Recurrence", "Recurrence", "Recurrence", "Recurrence", "Recurrence", 
"Recurrence", "Recurrence")), row.names = c("15635-32", "15635-37", 
"15635-38", "15635-42", "15635-43", "15635-53", "15635-58", "15635-60", 
"15635-63", "15635-70", "15635-75", "15635-80", "15635-87", "15635-100", 
"15635-108", "15635-132", "15635-134", "15635-135", "15635-2", 
"15635-7", "15635-11", "15635-145", "15635-150", "15635-154", 
"15635-161", "15635-169", "15635-170", "15635-187", "15635-197", 
"15635-214", "15635-228", "15635-225", "15635-234", "15635-239", 
"15635-251", "15635-246", "15635-254", "15635-182", "15635-45", 
"15635-46", "15635-68", "15635-90", "15635-101", "15635-127", 
"15635-1", "15635-148", "15635-156", "15635-29", "15635-31", 
"15635-215", "15635-81", "15635-120", "15635-129", "15635-158", 
"15635-279"), class = "data.frame")

# split into 4 categories
split <- factor(annot$Case_type)
circos.clear()

# does not work with the hex color codes
col_fun1 <- list('Initial CNS Tumor' = '#59acff',
                 'Recurrence' = '#ffac59',
                 'Progressive' = '#ffff59',
                 'no evidence of disease' = '#acff59')
circos.par(start.degree = 30, gap.degree = 1, points.overflow.warning = FALSE)
circos.heatmap(annot, 
               split = split, 
               col = col_fun1, 
               track.height = 0.4, 
               bg.border = "gray50",
               show.sector.labels = T)
circos.clear()

Когда я использую нешестнадцатеричные имена цветов, это работает:

# this works
col_fun2 <- list('Initial CNS Tumor' = 'yellow',
                 'Recurrence' = 'blue',
                 'Progressive' = 'green',
                 'no evidence of disease' = 'orange')
circos.par(start.degree = 30, gap.degree = 1, points.overflow.warning = FALSE)
circos.heatmap(annot, 
               split = split, 
               col = col_fun2, 
               track.height = 0.4, 
               bg.border = "gray50",
               show.sector.labels = T)
circos.clear()

Пакет R circlize: цвета тепловой карты цирка не отображаются

r heatmap circlize circos

16.03.2022 21:17

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Согласно документам, при описании аргумента col

If the values are characters, the color should be a named color vector.

Принимая во внимание, что вы передаете список, а не именованный вектор. Итак, если вы unlistcol_fun1 (или создадите его с c() вместо list()), вы получите

circos.par(start.degree = 30, gap.degree = 1, points.overflow.warning = FALSE)
circos.heatmap(annot, 
               split = split, 
               col = unlist(col_fun1),
               track.height = 0.4, 
               bg.border = "gray50",
               show.sector.labels = T)
circos.clear()