Панды диктуют ключи к столбцам

Лучше всего не использовать apply(pd.Series), потому что он очень медленный, а конструктор DataFrame с преобразованием NaN в 0, а затем в int:

df = pd.DataFrame({'column1': [{'c681': 1, 'c682': 2, 'c57': 4, 'c680': 5}, 
                               {'c681': 2, 'c682': 1, 'c57': 7, 'c680': 6}, 
                               {'c681': 4, 'c682': 2, 'c57': 8, 'c680': 2}, 
                               {'c681': 2, 'c682': 3, 'c57': 1, 'c680': 4}, 
                               {'c683': 3, 'c681': 5, 'c57': 0, 'c680': 3}]},
                                 index=['e1','e2','e3','e4','e5'])


print (df)
                                        column1
e1  {'c680': 5, 'c682': 2, 'c57': 4, 'c681': 1}
e2  {'c680': 6, 'c682': 1, 'c57': 7, 'c681': 2}
e3  {'c680': 2, 'c682': 2, 'c57': 8, 'c681': 4}
e4  {'c680': 4, 'c682': 3, 'c57': 1, 'c681': 2}
e5  {'c683': 3, 'c680': 3, 'c57': 0, 'c681': 5}


df = pd.DataFrame(df['column1'].values.tolist(), index=df.index).fillna(0).astype(int)
print (df)
    c57  c680  c681  c682  c683
e1    4     5     1     2     0
e2    7     6     2     1     0
e3    8     2     4     2     0
e4    1     4     2     3     0
e5    0     3     5     0     3

df = pd.concat([df] * 1000, ignore_index=True)

In [108]: %timeit (pd.DataFrame(df['column1'].values.tolist(), index=df.index))
100 loops, best of 3: 10.1 ms per loop

In [109]: %timeit (df['column1'].apply(pd.Series))
1 loop, best of 3: 1.14 s per loop