Параллелизованные разреженные матрицы rowSums в R (или Rcpp)

Для простой задачи суммирования всех строк в разреженной матрице в R отлично справляется Matrix::rowSums():

library(Matrix)    
m <- rsparsematrix(10000, 5000, 0.1)
rsums <- Matrix::rowSums(m)

Очевидно, эту функцию можно распараллелить, заблокировав суммирование по строкам. Какие варианты существуют? Кажется, я не могу найти.

Подготовка к бенчмаркингу...

library(rbenchmark)
benchmark(
        "Matrix::rowSums" = {
            Matrix::rowSums(m)
        },
        replications = 10,
        columns = c("test", "replications", "elapsed", "relative", "user.self", "sys.self"))


#              test replications elapsed relative user.self sys.self
# 1 Matrix::rowSums           10    1.14        1      0.95     0.19

Я за самое быстрое решение, R или Rcpp.

Посмотрите это выдающееся исследование Уилла Таунса о переборе разреженных матриц: https://rpubs.com/will_townes/sparse-apply. Вывод, кажется, таков, что Matrix::rowSums и семья — хорошие исполнители, и распараллеливание может быть достигнуто с помощью slam и/или data.table.

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
197
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Я не понимаю, как можно распараллелить суммирование строк в формате разреженной матрицы, ориентированном на столбцы, или в формате координатной разреженной матрицы, которые являются двумя форматами, в которых Matrix хранит разреженные матрицы. Строки не являются смежными в памяти. Если вы разбиваете набор строк и передаете его потоку, этот поток должен будет прочитать всю матричную структуру данных, чтобы дать вам сумму строк для этого фрагмента. Если вы разделите его на части и запустите 10 потоков, у вас может быть в 10 раз больше вычислительной мощности, но вам придется выполнять в 10 раз больше работы.

хорошая мысль, звучит разумно. Предположим, однако, что матрица была транспонирована, а затем был запущен распараллеленный colSums. Вполне возможно, что параллельные столбцы перевесят стоимость транспонирования?

zdebruine 11.12.2020 22:34

Вы можете распараллелить операцию на основе столбцов в разреженной матрице, ориентированной на столбцы. Для вашего конкретного примера с суммой строк я бы просто использовал умножение матриц, чтобы получить суммы строк - Intel MKL очень хорошо распараллеливает умножение матриц. Я не думаю, что для этого есть интерфейс R.

CJR 11.12.2020 23:16

MKL предоставляет BLAS и LAPACK, поэтому он сразу же подключается. См., например. github.com/eddelbuettel/mkl4deb простой в использовании скрипт на Debian и его производных.

Dirk Eddelbuettel 12.12.2020 00:38

"Вилки" даже. SO всегда так же плохо, как и Twitter, разоблачает мое отсутствие правописания. См. fortunes::fortune("Dirk can type") более раннее заявление по этому поводу.

Dirk Eddelbuettel 12.12.2020 15:44

Другие вопросы по теме