Почему «foreach» не экспортируется в мой изменяемый объект при параллельной работе?

Я настраиваю имитационную модель на уровне пациента в R. Для этого требуется генерировать два кадра данных для каждого пациента (с лечением и без) с течением времени (с использованием двух внутренних циклов). Затем мне нужно зациклить внутренние циклы для каждого пациента, который требуется в модели. Результаты внутренних циклов затем сохраняются в списке в глобальной среде.

Чтобы попытаться ускорить процесс, я хочу запустить внешние циклы параллельно, используя пакет foreach. Цикл работает по назначению при использовании %do% (не запуская циклы параллельно). Однако, как только я установил %dopar% для параллельной работы, внутренние циклы больше не экспортируются в список в глобальной среде, и я получаю сообщение об ошибке:

Error in { : task 1 failed - "object 'Patient_Data' not found"

Ниже я предоставил код, в котором есть рабочий пример версий %do% и %dopar% моей функции внешнего цикла. Внутренние циклы были удалены из примера и заменены простыми вероятностными розыгрышами.

Любая помощь будет принята с благодарностью.


library(tidyverse)
library(foreach)
library(doSNOW)

# Input
rm(list = ls())
Patient_Number <- 1000

#### Create a place to store patient data generated during the simulation ####

Patient_Data <- vector("list", length = Patient_Number)


#### Function - Non-parallel ####

Run_Sim <- function(){

  cl <- makeCluster(4, type = "SOCK")
  registerDoSNOW(cl)

  # record the time the model started

  model_start <- Sys.time()

  print(noquote(paste("Time model started: ", format(Sys.time(), "%a %d %b %Y %X"), sep = "")))

  #### Simulate Patient's BCVA scores ####

  # create progress bar

  print(noquote("Simulating Patients:"))

  pb <- txtProgressBar(min = 0, max = Patient_Number, style = 3)
  progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
  opts <- list(progress = progress)

  foreach(i = 1:Patient_Number, .packages = c("tidyverse"), .inorder = FALSE,
          .export = ls(globalenv()),
          .options.snow = opts) %do% {

            This_Patient <- list(
              Patient_ID = 0,
              Intervention = 0,
              Comparator = 0
            )

            This_Patient_Draw_Int <- rnorm(1, mean = 50, sd = 7.8) # These normally would be more complex functions generating a data frame for each patient
            This_Patient_Draw_Comp <- rnorm(1, mean = 44, sd = 10) # These normally would be more complex functions generating a data frame for each patient

            This_Patient$Patient_ID <- i
            This_Patient$Intervention <- This_Patient_Draw_Int
            This_Patient$Comparator <- This_Patient_Draw_Comp

            Patient_Data[[i]] <<- This_Patient

          }

  # stop the progress bar

  close(pb)

  # record when model finished

  model_finish <- Sys.time()
  print(noquote(paste("Time model finished: ", format(Sys.time(), "%a %d %b %Y %X"), sep = "")))

  print(noquote(paste("Model took ", round(difftime(model_finish, model_start, units = c("mins")), 0),
                      " minute(s) to simulate ", Patient_Number, " Patients", sep = "")))

  stopCluster(cl)

}

Run_Sim()


#### Parallel version using foreach %dopar% ####

rm(list = ls())
Patient_Number <- 1000
Patient_Data <- vector("list", length = Patient_Number)

Run_Sim_Para <- function(){

  cl <- makeCluster(4, type = "SOCK")
  registerDoSNOW(cl)

  # record the time the model started

  model_start <- Sys.time()

  print(noquote(paste("Time model started: ", format(Sys.time(), "%a %d %b %Y %X"), sep = "")))

  #### Simulate Patient's BCVA scores ####

  # create progress bar

  print(noquote("Simulating Patients:"))

  pb <- txtProgressBar(min = 0, max = Patient_Number, style = 3)
  progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
  opts <- list(progress = progress)

  foreach(i = 1:Patient_Number, .packages = c("tidyverse"), .inorder = FALSE,
          .export = ls(globalenv()),
          .options.snow = opts) %dopar% {

            This_Patient <- list(
              Patient_ID = 0,
              Intervention = 0,
              Comparator = 0
            )

            This_Patient_Draw_Int <- rnorm(1, mean = 50, sd = 7.8) # These normally would be more complex functions generating a data frame for each patient
            This_Patient_Draw_Comp <- rnorm(1, mean = 44, sd = 10) # These normally would be more complex functions generating a data frame for each patient

            This_Patient$Patient_ID <- i
            This_Patient$Intervention <- This_Patient_Draw_Int
            This_Patient$Comparator <- This_Patient_Draw_Comp

            Patient_Data[[i]] <<- This_Patient

          }

  # stop the progress bar

  close(pb)

  # record when model finished

  model_finish <- Sys.time()
  print(noquote(paste("Time model finished: ", format(Sys.time(), "%a %d %b %Y %X"), sep = "")))

  print(noquote(paste("Model took ", round(difftime(model_finish, model_start, units = c("mins")), 0),
                      " minute(s) to simulate ", Patient_Number, " Patients", sep = "")))

  stopCluster(cl)

}

Run_Sim_Para()
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
313
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Я решил проблему, выполнив следующие действия;

  1. Создание отдельной функции, которая компилирует внутренние циклы в список
  2. Затем эта функция списка передается функции foreach
  3. Вместо использования изменяемых состояний для обновления уже существующего списка в глобальной среде функция assign используется для передачи вывода цикла foreach объекту с именем «Patient_Data» в глобальной среде.

Пример кода ниже. Надеюсь, это поможет другим, которые могут столкнуться с подобной проблемой.

library(tidyverse)
library(foreach)
library(doSNOW)

# Input
rm(list = ls())
Patient_Number <- 1e4

#### Create a listing function which will be ran through "foreach" ####

list_func <- function(Patient_ID_Code){

  This_Patient <- list(
    Patient_ID = 0,
    Intervention = 0,
    Comparator = 0
  )

  This_Patient_Draw_Int <- rnorm(1, mean = 50, sd = 7.8) # These normally would be more complex functions generating a data frame for each patient
  This_Patient_Draw_Comp <- rnorm(1, mean = 44, sd = 10) # These normally would be more complex functions generating a data frame for each patient

  This_Patient$Patient_ID <- Patient_ID_Code
  This_Patient$Intervention <- This_Patient_Draw_Int
  This_Patient$Comparator <- This_Patient_Draw_Comp

  return(This_Patient)


}


Run_Sim_Para <- function(){

  cl <- parallel::makeCluster(parallel::detectCores() - 1)
  registerDoSNOW(cl)

  # record the time the model started

  model_start <- Sys.time()

  print(noquote(paste("Time model started: ", format(Sys.time(), "%a %d %b %Y %X"), sep = "")))

  #### Simulate Patient's BCVA scores ####

  # create progress bar

  print(noquote("Simulating Patients:"))

  pb <- txtProgressBar(min = 0, max = Patient_Number, style = 3)
  progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
  opts <- list(progress = progress)

  test <- foreach(i = 1:Patient_Number, .packages = c("tidyverse"),
                  .export = ls(.GlobalEnv),
                  .options.snow = opts) %dopar% {

                    list_func(i)

                  }

  # stop the progress bar

  close(pb)

  # record when model finished

  model_finish <- Sys.time()
  print(noquote(paste("Time model finished: ", format(Sys.time(), "%a %d %b %Y %X"), sep = "")))

  print(noquote(paste("Model took ", round(difftime(model_finish, model_start, units = c("mins")), 0),
                      " minute(s) to simulate ", Patient_Number, " Patients", sep = "")))

  stopCluster(cl)

  assign("Patient_Data", test, envir = .GlobalEnv)

}

Run_Sim_Para()

Другие вопросы по теме