Почему мой бот Discord не открывает или не сохраняет данные в файле JSON правильно?

Причина, по которой он не работает после сброса, заключается в том, что каждый раз, когда он сбрасывается, он переопределяет список reaction_roles и устанавливает его пустым.

    def __init__(self, bot):
        super().__init__()
        self.bot = bot
        self.reaction_roles = [] # Whenever code reloads, this is set here, and is empty

Ваши on_raw_reaction_add и on_raw_reaction_remove используют этот список для определения реакций и ролей, а не файл JSON.

Вы можете сделать что-то подобное, используя dicts и только файл JSON. JSON не поддерживает целые числа в качестве ключей, поэтому при работе с msg.id используйте str(msg.id)

# Not really necessary, but we need to read the file multiple times
# If you ever relocate it, you will only need to edit it once
def json_open(): #you can rename it, just remember to change the rest as well
    with open('reaction_roles.json', 'r', encoding='utf-8') as f:
        reaction_roles = json.load(f)
        return reaction_roles


class Reactions(commands.Cog):
    """
    This instance handles all reaction role events.
    """
    def __init__(self, bot):
        super().__init__()
        self.bot = bot


    @commands.command(name = "Reaction", aliases=["reactionss"])
    async def set_reaction(self, ctx, role: discord.Role = None, msg: discord.Message = None, emoji=None):
        reaction_roles = json_open() # Open the json file

        # First time registering emoji to msg will give error since msg is not in dict
        try:
            role_dict = reaction_roles[str(msg.id)]
        except:
            role_dict = {}

        role_dict[emoji] = role.id
        reaction_roles[str(msg.id)]=role_dict

        if role is not None and msg is not None and emoji is not None:
            await msg.add_reaction(emoji)

            with open('reaction_roles.json', 'w', encoding='utf-8') as f:
                json.dump(reaction_roles, f, indent=2, ensure_ascii=False)
                # setting ensure_ascii=False --> We can have actual emojis in json
                
            await ctx.channel.send("**Reaction has been set.**")

    # Next two steps are same, except one is remove and one is add
    @commands.Cog.listener()
    async def on_raw_reaction_add(self, payload):
        if payload.user_id == 775390992777216040: # Bot wont accidentally get any roles
            return
        reaction_roles = json_open() # Open JSON
        if str(payload.message_id) in list(reaction_roles.keys()): # If msg matches
            role_dict = reaction_roles[str(payload.message_id)]    # If reaction matches
            if payload.emoji.name in list(role_dict.keys()):
                role_id = role_dict[payload.emoji.name]
                guild = self.client.get_guild(payload.guild_id)
                role = guild.get_role(role_id)
                await guild.get_member(payload.user_id).add_roles(role)

    @commands.Cog.listener()
    async def on_raw_reaction_remove(self, payload):
        if payload.user_id == 775390992777216040:
            return
        reaction_roles = json_open()
        if str(payload.message_id) in list(reaction_roles.keys()):
            role_dict = reaction_roles[str(payload.message_id)]
            if payload.emoji.name in list(role_dict.keys()):
                role_id = role_dict[payload.emoji.name]
                guild = self.client.get_guild(payload.guild_id)
                role = guild.get_role(role_id)
                await guild.get_member(payload.user_id).remove_roles(role)

Файл JSON в конечном итоге будет выглядеть так

{
  "msg1_id": {
    "😈": role1_id,
    "😅": role2_id
  },
  "msg2_id": {
    "🌀": role3_id
  }
}