Ваш файл JSON сопоставляет слова со списками ссылок. См. это, например (сокращенно для удобства чтения):

{   
    "yup": [
        "..."
    ],
    ...
}

Когда вы получаете доступ к этой структуре с помощью links.get(ctx.invoked_with), например links.get("yup"), она вернет все, что хранится за этим словом.

В данном случае это список URL-адресов (обозначенных квадратными скобками [...]).

Чтобы получить одну ссылку, вам нужно либо изменить файл JSON, удалив квадратные скобки, либо скрипт Python, обратившись к одному элементу из списка (например, к первому).

Решение: измените файл JSON.

{   
    "yup": "https://tenor.com/view/mourinho-jose-mourinho-yes-yes-yes-yes-oh-yes-gif-745895004274181051,
    ...

При этом за словом «ага» сохраняется только один URL-адрес. Это немного упрощает поиск в Python, но вы ограничены одним элементом.

Решение 2. Измените скрипт Python

async def gif (ctx):
    gif_link = links.get(ctx.invoked_with)[0]  # <-- "[0]" accesses the first element of the list

В этом коде Python может быть несколько ошибок (первое решение также подвержено «пропущенным словам»).

Поэтому вместо этого рассмотрите этот код Python:

async def gif (ctx):
    gif_links= links.get(ctx.invoked_with)
    if not gif_links:
        await ctx.send("No such gif found!")
    await ctx.send(gif_links[0])

Бонус: изображения Randmoize

Ваш файл JSON (со списками) позволяет иметь более одного изображения. Вы можете использовать random.choice(), чтобы выбрать один случайным образом. Например

{   
    "yup": [
        "http://<image-url-1>",
        "http://<image-url-2>",
    ],
    "calma":[
        "http://<image-url-1>",
        "http://<image-url-2>",
    ],
    ...
}

from random import choice

async def gif (ctx):
    gif_links = links.get(ctx.invoked_with)
    if not gif_links:
        await ctx.send("No such gif found!")
    await ctx.send(choice(gif_links))