Почему моя рекурсивная функция не возвращает все данные?

Как отметил Дэвид, вам нужно добавить возвращаемое значение рекурсии к исходному массиву items. Следовательно, следующий код должен работать:

import os
import numpy as np

def read_path(path, items):
    for item in os.listdir(path):
        full_path = os.path.join(directory_path, item)
        if os.path.isfile(full_path):
            items = np.append(items, f"{path}\{item}")
            print(f"File: {item}")
        else:
            items = np.append(items, read_path(f"{path}\{item}", items))
            print(f"Folder: {item}")
    return items

f = np.array([])
print(
    read_path(r"D:\Reubens stuff\Code Stuff\code saves\Python\Create Texture Pack\samples-load\resource_pack\textures", f)
)

Рекурсия основана на объединении возвращаемых результатов. Но ваш оператор возврата бесполезен. Лучше использовать либо глобальную переменную f, либо классическую рекурсию:

import os

def read_path(path):
    items=[]
    for item in os.listdir(path):
        if "." in item:
            items.append(f"{path}/{item}")
            print(f"File: {item}")
        else:
            items.append(read_path(f"{path}/{item}"))
            print(f"Folder: {item}")
    return items

print(
    read_path(r"D:\Reubens stuff\Code Stuff\code saves\Python\Create Texture Pack\samples-load\resource_pack\textures"")
)

Я также предлагаю определить, является ли элемент файлом или каталогом по этому условию:

os.path.isdir(os.path.join(path, item))

Основная причина вашей проблемы в том, что numpy.append не похож на list.append. Он не изменяет массив (или список) на месте. Скорее, он возвращает массив, содержащий копию данных во входном контейнере (плюс добавляемый элемент). Это означает, что после первой рекурсии вы работаете с другим объектом items, отличным от того, который был изначально передан.

Если вы хотите, чтобы новое значение было передано обратно, вам нужно сделать items = read_path(f"{path}\{item}", items) в блоке else, чтобы items обновлялось в каждом случае.