Почему Rmd не рендерится в pdf, а html в порядке

Я бы использовал следующий обходной путь:

1. В вашем .rmd удалите часть ?raw=true.
2. После вязания с HTML: Читаем html файл в R, заменяем .png на .png?raw=true и снова сохраняем:

Вы можете использовать следующий код:

html <- readLines("your-file.html")
html <- sapply(html, function(x) gsub(".png", ".png?raw=true", x))
writeLines(html, "your-file.html")

Таким образом, у вас есть аннотация ?raw=true в вашем html-файле (где они принадлежат), а не в файле .tex (и .pdf), где они не имеют значения.

Вы можете указать путь к изображению в выходном формате с помощью knitr::is_html_output(), например,

---
title: "Untitled"
author: "Myname"
date: "5 April 2019"
output:
  html_document:
    keep_md: yes
    number_sections: yes
    toc: yes
    toc_depth: 2
    self_contained: false
  pdf_document:
    number_sections: yes
    toc: yes
    toc_depth: '2'
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

text

```{r, echo=FALSE, results='asis'}
cat(
  '![Some text here.](pics/myimage.png',
  if (knitr::is_html_output()) '?raw=true',
  '){width=400px}',
  sep = ''
)
```

text