Почему выходные данные разные? (как сделать print(s1) для вывода на японский язык)

\u в '\u9867\u5BA2' — это просто нотация Python для символа юникода, а не литералы \ и u, поэтому вы не можете просто построить строку из литералов \ и u и некоторых кодов и ожидать, что они будут представлять один символ юникода.

Вместо этого вы можете закодировать строку в байты, а затем декодировать ее с помощью кодировки unicode_escape, чтобы сделать ее фактической строкой Unicode:

s_before = r'\(9867)\(5BA2)'
s1 = s_before.replace('(','').replace(')','').replace('\\','\\u').encode().decode('unicode_escape')
print(s1)

Это выводит:

顧客