Почему я не могу открыть URL-адрес в iframe с помощью javascript?

Вы должны поставить javascript перед тегом "тело"

<script>
alert("You are about to send email to the client! Do you want to proceed?");
var frame = document.getElementById("iframeMailer");
frame.src = "qr.php";
</script>
</body>

Прежде всего, используйте confirm вместо alert, потому что alert не может получать ввод от пользователя. Ваш код должен быть примерно таким

<script>
    function queryFrame () {
        var frame = document.getElementById("iframeMailer");
        if (confirm("You are about to send email to the client! Do you want to proceed?")) {        
            frame.src = "qr.php";
        }
    }

    window.addEventListener("DOMContentLoaded", queryFrame())
</script>

И HTML:

<iframe height=130 width=50% frameBorder = "0" seamless name = "iframeMailer" id = "iframeMailer"></iframe>