Получение странной ошибки при запуске конвейера nextflow

Для моего конвейера анализа данных я использую nextflow в качестве системы управления рабочим процессом для запуска инструмента под названием rmats. В разделе сценария я указал все необходимые аргументы, но когда я запускаю конвейер с помощью этой команды:

nextflow run -ansi-log false main.nf

Я получу эту ошибку:

Command error:
  ERROR: output folder and temporary folder required. Please check --od and --tmp.

Вот модуль rmats.nf:

process RMATS {
    tag "paired_rmats: ${sample1Name}_${sample2Name}"
    label 'rmats_4.1.2'
    label 'rmats_4.1.2_RMATS'
    container = 'quay.io/biocontainers/rmats:4.1.2--py37haf75f70_1'
    shell = ['/bin/bash', '-euo', 'pipefail']

    input:
    path(STAR_genome_index)
    path(genome_gtf)
    path(s1)
    path(s2)

    output:
    path("*.txt", emit: final_results_rmats)


    script:
    """
    rmats.py \
    --s1 ${s1} \
        --s2 ${s2} \
        --gtf ${genome_gtf} \
        --readLength 150 \
        --nthread 10
        --novelSS
        --mil 50
        --mel 500
        --bi ${STAR_genome_index} \
        --keepTemp \
        --od final_results_rmats \
        --tmp final_results_rmats
    """
 }

вот main.nf:

#!/usr/bin/env nextflow
nextflow.preview.dsl=2

include RMATS from './modules/rmats.nf'
gtf_ch = Channel.fromPath(params.gtf)
s1_ch = Channel.fromPath(params.s1)
s2_ch = Channel.fromPath(params.s2)
STAR_genome_index_ch = Channel.fromPath(params.STAR_genome_index)

workflow {
    rmats_AS_calling_ch=RMATS(s1_ch, s2_ch, gtf_ch, STAR_genome_index_ch)

}

в разделе сценария аргументы, которые находятся в {}, приведены в файле конфигурации. Вы знаете, в чем может быть проблема?

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
0
20
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вам просто не хватает некоторых символов обратной косой черты в блоке сценария, которые требуются вашей оболочке для продолжения строки. Вы также можете рассмотреть возможность экранирования символов обратной косой черты, чтобы сценарии записи Nextflow (.command.sh в рабочем каталоге) с продолжением строки:

    script:
    """
    rmats.py \\
        --s1 ${s1} \\
        --s2 ${s2} \\
        --gtf ${genome_gtf} \\
        --readLength 150 \\
        --nthread 10 \\
        --novelSS \\
        --mil 50 \\
        --mel 500 \\
        --bi ${STAR_genome_index} \\
        --keepTemp \\
        --od final_results_rmats \\
        --tmp final_results_rmats
    """

Другие вопросы по теме