Правильное использование предложения IF ELSE в SQL Server 2012

Используйте оператор Case вместо оператора If. Существует разница между операторами IF и CASE в SQL. Операторы if используются для выполнения шагов SQL в пакете, а оператор case определяет, какое значение использовать в столбце оператора select.

 SELECT
    CASE WHEN s.SpecialInsttPlan = 'No' 
        THEN(s.TotalBill - s.Advance) / s.Installments 
        ELSE 'Special' 
    END As Installment 
FROM SalesInvoice s 
LEFT JOIN InstallmentPaymentHistory iph 
    ON iph.SalesInvoiceID = s.SalesInvoiceID 
WHERE iph.SalesInvoiceID = 41 
GROUP BY
    s.TotalBill,
    s.Advance,
    s.Installments

Прежде всего, здесь не требуется использовать if. у вас есть двойное условие при выборе столбца, тогда предпочтительнее использовать CASE вместо IF. также вы использовали LEFT JOIN и сохранили, где условие для iph.SalesInvoiceID должно быть внутри, если оно оставлено, иначе осталось, и где делает INNER JOIN в вашем случае.

SELECT 
   CASE WHEN s.SpecialInsttPlan = 'No'  THEN  (s.TotalBill - s.Advance) / s.Installments ELSE 'Special' AS Installment
   FROM SalesInvoice s
   LEFT JOIN  InstallmentPaymentHistory iph ON iph.SalesInvoiceID = s.SalesInvoiceID AND iph.SalesInvoiceID = 41 
   group by
   s.TotalBill,
   s.Advance,
   s.Installments