Преобразование каналов в строки в Nextflow DSL2

Мне интересно, как извлечь содержимое канала Nextflow и сделать его строкой в ​​блоке рабочего процесса.

Мне нужно это, например, чтобы:

  • определить систему переключения с помощью карт Groovy, где ключ карты выбирается на основе выходных данных процесса
  • используя метод watchPath для просмотра пути, который является результатом предыдущего процесса
  • любая другая ситуация, когда требуется строка, но значение строки является динамическим и не фиксированным

Я уже пробовал .toString(), .map{}, .view() и все, что смог найти в документации.

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
0
135
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Мне интересно, как извлечь содержимое канала Nextflow и сделать это строкой

Лучше не пытаться это сделать. Если вы просто хотите выбрать ключ карты на основе вывода процесса, вы можете просто объявить свою карту в блоке рабочего процесса и использовать ее по мере необходимости. Например:

process test {

    input:
    val myval

    output:
    path "${myval}.txt"

    """
    touch "${myval}.txt"
    """
}

workflow {

    def foobarbaz = ['foo': 1, 'bar': 2, 'baz': 3]

    Channel.of('foo', 'bar', 'baz')
        | test
        | map { tuple( foobarbaz[ it.baseName ], it ) }
        | view()
}

Результаты:

$ nextflow run main.nf 
N E X T F L O W  ~  version 22.10.0
Launching `main.nf` [high_faggin] DSL2 - revision: 43aaa56eee
executor >  local (3)
[0e/0fd6dc] process > test (3) [100%] 3 of 3 ✔
[1, /path/to/work/a7/d501cb2a8426c5639117d14e8fb7fe/foo.txt]
[2, /path/to/work/22/df9cc4f1d34b9cca0d0331fac5c150/bar.txt]
[3, /path/to/work/0e/0fd6dc0519a34c52903b990755f450/baz.txt]

Обратите внимание, что вам не нужен фабричный метод watchPath для просмотра выходного пути предыдущего процесса. Просто определите выходные данные предыдущего процесса в блоке вывода и объявите их как входы в блоке ввода нижестоящего процесса. Например:

process foo {

    input:
    val myval

    output:
    path "${myval}.txt"

    """
    echo "value: ${myval}" > "${myval}.txt"
    """
}

process bar {

    input:
    path myfile

    output:
    stdout

    """
    echo "Contents of ${myfile}:" 
    cat "${myfile}"
    """
}

workflow {

    Channel.of('foo', 'bar', 'baz')
        | foo 
        | bar
        | view()
}

Результаты:

$ nextflow run main.nf 
N E X T F L O W  ~  version 22.10.0
Launching `main.nf` [clever_lovelace] DSL2 - revision: c388bd26af
executor >  local (6)
[ac/1be228] process > foo (2) [100%] 3 of 3 ✔
[11/7b3c6e] process > bar (1) [100%] 3 of 3 ✔
Contents of foo.txt:
value: foo

Contents of bar.txt:
value: bar

Contents of baz.txt:
value: baz

Спасибо, это действительно полезно. Только одна вещь о watchPath: я думал о том, чтобы получить путь для просмотра из предыдущего процесса, поскольку он является переменным, а не фиксированным, но кажется, что watchPath() принимает только строки в качестве аргумента.

baffoloco 14.11.2022 08:52

@LucaForlani Правильно - watchPath() - это метод фабрики каналов, поэтому он не подходит для этого. Обычно он просто используется для наблюдения за каталогом, в который другой (внешний) процесс будет записывать файлы в какой-то момент. И обычно вы склонны заранее знать, что это за каталог. Поэтому я подозреваю, что у вас есть проблема с дизайном, но я не знаю достаточно деталей, чтобы дать какое-либо руководство на данный момент. Если вы хотите изложить проблему с некоторыми подробностями (задав еще один вопрос), я был бы рад взглянуть.

Steve 14.11.2022 14:45

Не волнуйтесь, я тоже это понял: если кажется, что вы не можете что-то сделать в nextflow, возможно, вы должны были сделать это по-другому. Спасибо за помощь, это было бесценно :)

baffoloco 15.11.2022 17:22

Другие вопросы по теме