Преобразование плоского ассоциативного массива в индексированный двумерный массив с ассоциативными строками

Используйте foreach

$pemeriksa = [
    123456 => 'John Doe',
    654321 => 'Doe John'
];

$newArray = [];
foreach ($pemeriksa as $key => $value) {
    $newArray[] = ["name" => $value , "code" => $key];
}
print_r($newArray);

В цикле foreach определите ключи и значения, используя имя ключа, которое вы хотите видеть в результирующих строках. Затем вызовите compact() в теле цикла, прежде чем вставлять данные новой строки в массив результатов.

Код: (Демо)

$result = [];
foreach ($thearray as $code => $name) {
    $result[] = compact(['name', 'code']);
}
var_export($result);

Ваше программирование в функциональном стиле можно исправить следующим образом:

Код: (Демо)

var_export(
    array_map(
        fn($name, $code) => compact(['name', 'code']),
        $thearray,
        array_keys($thearray)
    )
);