При объединении tr с нулевыми символами и xargs -0 это не работает должным образом

xargs использует нулевой байт для разграничения, как вы сказали. Это не разграничивает новые строки.

В очень упрощенном примере, если у вас есть эти две строки (где 0 — ноль):

a0b0c0d\n
e0f0g0h\n

Четвертый токен — это не просто d, это d\ne, потому что xargs читается до следующего нулевого байта.

Что-то вроде этого должно работать:

while IFS='~' read -ra line ; do
  printf '%s\0' "${line[@]}"
done < data.txt | xargs -0 -n 7 printf "insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('%s','%s',to_date('%s','DD-MM-YYYY'),%s,'%s',%s,%s);\n"

Поскольку вы заменяете ~ символом \0 и используете \0 в качестве разделителя для xargs, \n во входных данных будет рассматриваться как часть последнего «поля»; вам также нужно перевести новые строки на входе:

tr '\n~' '\0' < data.txt |
xargs -0 -n 7 printf "insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('%s','%s',to_date('%s','DD-MM-YYYY'),%s,'%s',%s,%s);\n"

совет: при автоматической генерации кода вам лучше правильно экранировать строки (здесь вы печатаете их RAW, это может оказаться опасным)

ОБНОВЛЯТЬ

Под правильным экранированием я подразумеваю генерацию SQL таким образом, чтобы не допустить внедрения кода; например:

awk -F'~' '
    function sql_stringify(str,escape_backslashes) {
        gsub(/\047/,"\047\047",str);
        if (escape_backslashes)
            gsub(/\/,"\\\\&",str);
        return "\047" str "\047";
    }
    {
        printf( "insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  " );
        printf( "values(%s,%s,to_date(%s,%s),%d,%s,%d,%d);\n", \
            sql_stringify($1), \
            sql_stringify($2), \
            sql_stringify($3), \
            sql_stringify("DD-MM-YYYY"), \
            $4, \
            sql_stringify($5), \
            $6, \
            $7 \
       );
    }
' data.txt

^{note: for MySQL and PostgreSQL you'll need to set the escape_backslashes switch of sql_stringify to true}

Поскольку xargs рассматривает \0 как разделитель, \n становится частью данных. В идеале нам также нужно преобразовать \n в \0. В качестве альтернативы ...

Мы можем сохранить разделитель ~ и преобразовать \n в ~:

$ head -2 data.txt | tr '\n' '~' | xargs -d~ -n 7 printf "insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('%s','%s',to_date('%s','DD-MM-YYYY'),%s,'%s',%s,%s);\n"
insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('FA_PRD01_PHX1','EBDT',to_date('30-JAN-2023','DD-MM-YYYY'),18,'JobDefinition://company/apps/ess/custom/Shared Folders/Apps_Reports/APPSSALESFORCETIMEDTLS',1,1);
insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('FA_PRD01_PHX1','EBDT',to_date('30-JAN-2023','DD-MM-YYYY'),08,'JobDefinition://company/apps/ess/custom/Shared Folders/Apps_Reports/APPSSALESFORCETIMEDTLSNEW',1,1);

Альтернативная идея с использованием awk:

$ awk -F'~' -v qt = "'" '{printf "insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values(%s,%s,to_date(%s,%s),%s,%s,%s,%s);\n",qt $1 qt,qt $2 qt,qt $3 qt,qt "DD-MM-YYYY" qt, $4,qt $5 qt,$6,$7 }' data.txt
insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('FA_PRD01_PHX1','EBDT',to_date('30-JAN-2023','DD-MM-YYYY'),18,'JobDefinition://company/apps/ess/custom/Shared Folders/Apps_Reports/APPSSALESFORCETIMEDTLS',1,1);
insert into ESS_SYSTEM_ERROR_METRICS  values('FA_PRD01_PHX1','EBDT',to_date('30-JAN-2023','DD-MM-YYYY'),08,'JobDefinition://company/apps/ess/custom/Shared Folders/Apps_Reports/APPSSALESFORCETIMEDTLSNEW',1,1);
... snip ...

Конечно, в этом конкретном случае это немного излишне, но кое-что следует иметь в виду, если / когда вы столкнетесь с некоторыми сложными проблемами форматирования, которые трудно (или) решить с помощью только tr/xargs, ymmv ...