Проблема baseDir с nextflow

Это может быть очень простой вопрос для вас, ребята, однако я только начал работать с nextflow, и мне сложно разобраться с простейшим примером.

Сначала я объясню, что я сделал, и проблему.

Цель: я стремлюсь создать рабочий процесс для моего биоинформатического анализа, как здесь (https://www.nextflow.io/example4.html)

Предыстория: я установил все необходимые пакеты, и все они работают из консоли без каких-либо ошибок.

Мой запуск: я использовал тот же скрипт, что и в примере, только заменив имена каталогов. Вот как я упорядочил каталоги

location of script

~/raman/nflow/script.nf

location of Fastq files

~/raman/nflow/Data/T4_1.fq.gz
~/raman/nflow/Data/T4_2.fq.gz

Location of transcriptomic file

~/raman/nflow/Genome/trans.fa

Сценарий

#!/usr/bin/env nextflow

/*
 * The following pipeline parameters specify the refence genomes
 * and read pairs and can be provided as command line options
 */
params.reads = "$baseDir/Data/T4_{1,2}.fq.gz"
params.transcriptome = "$baseDir/HumanGenome/SalmonIndex/gencode.v42.transcripts.fa"
params.outdir = "results"

workflow {
    read_pairs_ch = channel.fromFilePairs( params.reads, checkIfExists: true )

    INDEX(params.transcriptome)
    FASTQC(read_pairs_ch)
    QUANT(INDEX.out, read_pairs_ch)
}

process INDEX {
    tag "$transcriptome.simpleName"

    input:
    path transcriptome

    output:
    path 'index'

    script:
    """
    salmon index --threads $task.cpus -t $transcriptome -i index
    """
}

process FASTQC {
    tag "FASTQC on $sample_id"
    publishDir params.outdir

    input:
    tuple val(sample_id), path(reads)

    output:
    path "fastqc_${sample_id}_logs"

    script:
    """
    fastqc "$sample_id" "$reads"
    """
}

process QUANT {
    tag "$pair_id"
    publishDir params.outdir

    input:
    path index
    tuple val(pair_id), path(reads)

    output:
    path pair_id

    script:
    """
    salmon quant --threads $task.cpus --libType=U -i $index -1 ${reads[0]} -2 ${reads[1]} -o $pair_id
    """
}

Вывод:

(base) ntr@ser:~/raman/nflow$ nextflow script.nf
N E X T F L O W  ~  version 22.10.1
Launching `script.nf` [modest_meninsky] DSL2 - revision: 032a643b56
executor >  local (2)
executor >  local (2)
[-        ] process > INDEX (gencode)       -
[28/02cde5] process > FASTQC (FASTQC on T4) [100%] 1 of 1, failed: 1 ✘
[-        ] process > QUANT                 -
Error executing process > 'FASTQC (FASTQC on T4)'

Caused by:
  Missing output file(s) `fastqc_T4_logs` expected by process `FASTQC (FASTQC on T4)`

Command executed:

  fastqc "T4" "T4_1.fq.gz T4_2.fq.gz"

Command exit status:
  0

Command output:
  (empty)

Command error:
  Skipping 'T4' which didn't exist, or couldn't be read
  Skipping 'T4_1.fq.gz T4_2.fq.gz' which didn't exist, or couldn't be read

Work dir:
  /home/ruby/raman/nflow/work/28/02cde5184f4accf9a05bc2ded29c50

Tip: view the complete command output by changing to the process work dir and entering the command `cat .command.out`

Я считаю, что у меня проблема с моим пониманием baseDir. Я предполагаю, что baseDir - это тот, где у меня есть мой файл script.nf. Я не уверен, что происходит не так, и как я могу это исправить.

Может ли кто-нибудь помочь или направить.

Спасибо