Проблема с конфигурационным файлом Nextflow

Привет Пожалуйста, найдите ниже скрипт nf и файл конфигурации. Я запускал их на двух компьютерах. На обоих компьютерах установлен nextflow (v 22.04.5) и докер. Однако на одном компьютере отображается сообщение об ошибке. Пожалуйста, смотрите прикрепленный скриншот. Я проверил файл журнала, и в нем есть только одна «команда не найдена». Мне было интересно, не могли бы вы указать, чего не хватает в этом компьютере. Спасибо.

сценарий следующего потока

#!/usr/bin/env nextflow

//data_location
params.outdir = './results'
params.in = "$PWD/*.fastq"
datasetA = Channel
                .fromPath(params.in)
                .map { file -> tuple(file.baseName, file) }
        

// fastqc

process fastqc {
    tag "${datasetIDA}"
    publishDir "${params.outdir}", mode:'copy'

    input:
    set datasetIDA, file(x) from datasetA

    output:
    file ("${x.baseName}_fastqc.html") into fastqc_ch
            
    script:
    """
    fastqc -Xmx20g $x > ${x.baseName}_fastqc.html
    """
}

файл конфигурации


process {
    withName:fastqc                            { container = 'staphb/fastqc:latest' }
}

docker containers nextflow

03.10.2022 11:42

Развертывание модели машинного обучения с помощью Flask - Angular в Kubernetes

Kubernetes - это портативная, расширяемая платформа с открытым исходным кодом для управления контейнерными рабочими нагрузками и сервисами, которая...

Как создать PHP Image с нуля

Сегодня мы создадим PHP Image from Scratch для того, чтобы легко развернуть базовые PHP-приложения. Пожалуйста, имейте в виду, что это разработка для...

Запуск dcm4chee на MacOS

230

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Ответ принят как подходящий

Проблема в том, что Выполнение Docker по умолчанию не включено. Когда он отключен, Nextflow просто пытается выполнить процесс вне контейнера. Чтобы включить выполнение Docker, добавьте следующую строку в конфигурацию Nextflow:

docker.enabled = true

Nextflow ищет файлы конфигурации в нескольких местах. Проверьте, используют ли обе машины один и тот же набор файлов конфигурации. Например, на одной машине уже может быть установлен вышеуказанный файл в $HOME/.nextflow/config, но этот файл может не существовать на другой машине.

Тестовое задание:

$ touch {A,B,C}.fastq
$ cat nextflow.config 
docker.enabled = true

process {
  withName: 'fastqc' {
    container = 'staphb/fastqc:latest'
  }
}

Результаты:

$ nextflow run main.nf -dsl1
N E X T F L O W  ~  version 22.04.4
Launching `main.nf` [jolly_brown] DSL1 - revision: 2c6f171a28
executor >  local (3)
[97/7b5758] process > fastqc (B) [100%] 3 of 3 ✔
Completed at: 03-Oct-2022 21:08:43
Duration    : 2m 50s
CPU hours   : 0.1
Succeeded   : 3

Спасибо, Стив. Я последовал вашим советам и решил проблему. Я добавлю краткий обзор устранения неполадок здесь для других.

— 04.10.2022 01:44

03.10.2022 13:25

Вот краткое описание устранения неполадок:

Ошибка следующего потока: не удается найти команду.

Что может вызвать эту ошибку?

Ошибка указывает на то, что скрипт nf не может прочитать файл nextflow.config, хотя файл конфигурации находится в текущем каталоге (один из ожидаемых путей).

Каково было решение?

начиная с чистого листа
указав, что докер включен в файле конфигурации, следующим образом:

process {
    withName:fastqc { 
    container = 'staphb/fastqc:latest' 
}
}
docker {
    enabled = true
    temp = 'auto'
}

Nextflow_config_issue_resolved

Nextflow будет читать файл nextflow.config в текущем каталоге, если вы явно не укажете ему не делать этого. Проблема в том, что выполнение Docker не включено по умолчанию. Когда он отключен, Nextflow просто пытается выполнить процесс вне контейнера.

— 05.10.2022 03:47

04.10.2022 01:51