Проблема с установкой пакета "sf" в R (Big Sur)

Я попытался установить пакет sf, потому что он зависит от пакета tidycensus, который я хотел бы использовать. Я использую Mac с Big Sur. Согласно Github для r-spatial, я пытался следовать инструкциям по установке здесь, но без кубиков. Мой sessionInfo():

R version 4.1.0 (2021-05-18)
Platform: aarch64-apple-darwin20.4.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur 11.6

Matrix products: default
BLAS:   /opt/homebrew/Cellar/openblas/0.3.20/lib/libopenblasp-r0.3.20.dylib
LAPACK: /opt/homebrew/Cellar/r/4.1.0/lib/R/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.1.0

Я попытался

library(devtools)
install_github("r-spatial/sf",configure.args = "--with-proj-lib=/opt/homebrew/opt/proj/lib")

Ошибка:

Installing package into ‘/opt/homebrew/lib/R/4.1/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
* installing *source* package ‘sf’ ...
** using staged installation
configure: CC: /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang
configure: CXX: /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang++ -std=gnu++11
checking for gdal-config... /opt/homebrew/Caskroom/miniforge/base/bin/gdal-config
checking gdal-config usability... yes
configure: GDAL: 3.4.1
checking GDAL version >= 2.0.1... yes
checking for gcc... /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang accepts -g... yes
checking for /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... /opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang -E
checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep
checking for egrep... /usr/bin/grep -E
checking for ANSI C header files... rm: conftest.dSYM: is a directory
rm: conftest.dSYM: is a directory
yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking gdal.h usability... yes
checking gdal.h presence... yes
checking for gdal.h... yes
checking GDAL: linking with --libs only... yes
checking GDAL: /opt/homebrew/Caskroom/miniforge/base/share/gdal/pcs.csv readable... no
checking GDAL: checking whether PROJ is available for linking:... yes
checking GDAL: checking whether PROJ is available fur running:... dyld: Library not loaded: @rpath/libgdal.30.dylib
  Referenced from: /private/var/folders/4b/2jtbyjzd1w5gsdm_g_jcpr2h0000gn/T/Rtmp2cQwgC/R.INSTALL5d284632664c/sf/./gdal_proj
  Reason: image not found
./configure: line 3625: 24751 Abort trap: 6           ./gdal_proj
no
configure: error: OGRCoordinateTransformation() does not return a coord.trans: PROJ not available?
ERROR: configuration failed for package ‘sf’
* removing ‘/opt/homebrew/lib/R/4.1/site-library/sf’

Что-то, что может меня сбить с толку (но я не знаю, как это исправить), заключается в том, что gdal-config находится как в /opt/homebrew/Caskroom/miniforge/base/bin/, так и в /opt/homebrew/opt/gdal/bin/. gdal, proj и geos все живут в /opt/homebrew/opt/

Возможно, стоит проверить здесь: github.com/r-spatial/sf/issues/1542 Одним из решений было создание libgdal и libproj из исходного кода.

mrhellmann 21.03.2022 23:38

Возможно, следование инструкциям по установке gdal и geos без варки может решить проблему: github.com/r-spatial/sf/issues/1536#issuecomment-727606409

jared_mamrot 22.03.2022 00:36

Я пытался построить libgdal и libproj, но столкнулся с некоторыми ошибками. Я могу попробовать безварную стратегию

TCW 22.03.2022 15:03

Почему бы не установить бинарную версию, как это предлагается в документации по sf? Я использую R 4.1.2 в Big Sur, и бинарная установка sf прошла успешно, а затем install.packages("tidycensus", dependencies=TRUE) также удалось. В качестве дополнительных зависимостей были установлены пакеты rgdal, tigris и srvyr.

IRTFM 22.03.2022 20:22
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
4
56
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Решение, благодаря @IRTFM, заключалось в том, чтобы загрузить двоичный файл из CRAN, а затем использовать R CMD INSTALL. Тогда я мог бы установить tigris и tidycensus через install.packages()

Другие вопросы по теме