Pythonic способ изменить список словарей

Ваш подход хорош, но я мог бы предложить создать новый словарь вместо изменения того, что у нас уже есть. Для этого вы можете перебрать список и создать необходимый словарь следующим образом.

x = [{'server': 's1', 'disk' : 'd1', 'size': 10},{'server': 's2', 'disk' : 'd2', 'size': 20},{'server': 's3', 'disk' : 'd3', 'size': 30}, {'server': 's1', 'disk' : 'd4', 'size': 40}]

from collections import defaultdict

dct = defaultdict(list)

#Iterate over the list
for item in x:
    #Use server value as key, and the remainining k,v pairs as dict and append them to a list
    dct[item['server']].append({k:v for k,v in item.items() if k != 'server'})

print(dict(dct))

Или, если вы хотите следовать подходу dict.pop(), вставьте ключ server и используйте его в качестве ключа в своем словаре.

x = [{'server': 's1', 'disk' : 'd1', 'size': 10},{'server': 's2', 'disk' : 'd2', 'size': 20},{'server': 's3', 'disk' : 'd3', 'size': 30}, {'server': 's1', 'disk' : 'd4', 'size': 40}]

from collections import defaultdict

dct = defaultdict(list)

#Iterate over the list
for item in x:
    #Get server value after popping server key
    server = item.pop('server')

    #Use that value and append the remaining dict to a list
    dct[server].append(item)

print(dict(dct))

Результат будет одинаковым в обоих случаях, т.е.

{'s1': [{'disk': 'd1', 'size': 10}, {'disk': 'd4', 'size': 40}], 's2': [{'disk': 'd2', 'size': 20}], 's3': [{'disk': 'd3', 'size': 30}]}