R/gtsummary: исключая выбросы в tbl_summary

Можно ли gtsummary::tbl_summary вычислить среднее значение, исключая выбросы? Например, в следующем коде я представляю образцы данных некоторых z-показателей. Можно ли указать что или добавить пункт, как gtsummary::tbl_summary обрабатывает каждый столбец?

set.seed(42)
n <- 1000
dat <- data.frame(id=1:n,
                  treat = factor(sample(c('Treat','Control'), n, rep=TRUE, prob=c(.5, .5))),
                  outcome1=runif (n, min=-3.6, max=2.3),
                  outcome2=runif (n, min=-1.9, max=3.3),
                  outcome3=runif (n, min=-2.5, max=2.8),
                  outcome4=runif (n, min=-3.1, max=2.2))
dat %>% select(-c(id)) %>% tbl_summary(by=treat, statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({min} to {max})")) 

Например, предположим, я хочу, чтобы в таблице отображалось среднее значение outcome1 только в случаях, когда outcome1 >= -2.9 и для outcome2 только в случаях outcome2 < 3.0 и т. д.

Заранее большое спасибо за любое предложенное руководство.

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
33
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Вы можете определить новую функцию среднего, которая исключает выбросы значений. Вы можете определить выброс любым удобным для вас способом. Затем передайте эту функцию tbl_summary(). Пример ниже!

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.5.2'

set.seed(42)
n <- 1000
dat <- data.frame(id=1:n,
                  treat = factor(sample(c('Treat','Control'), n, rep=TRUE, prob=c(.5, .5))),
                  outcome1=runif (n, min=-3.6, max=2.3),
                  outcome2=runif (n, min=-1.9, max=3.3),
                  outcome3=runif (n, min=-2.5, max=2.8),
                  outcome4=runif (n, min=-3.1, max=2.2))

mean_no_extreme <- function(x) {
  x <- na.omit(x)
  sd <- sd(x)
  mean <- mean(x)
  
  # calculate mean excluding extremes
  mean(x[x >= mean - sd * 3 & x <= mean + sd * 3])
}


dat %>% 
  select(-c(id)) %>% 
  tbl_summary(
    by=treat, 
    statistic = all_continuous() ~ "{mean_no_extreme} ({min} to {max})"
  ) %>%
  as_kable()
Характерная чертаКонтроль, N = 527Рассматривать, N = 473
результат1-0,64 (от -3,59 до 2,30)-0,70 (от -3,60 до 2,30)
результат20,68 (от -1,89 до 3,30)0,78 (от -1,87 до 3,28)
результат30,20 (от -2,47 до 2,80)0,23 (от -2,48 до 2,80)
результат4-0,36 (от -3,09 до 2,19)-0,41 (от -3,10 до 2,20)

Created on 2022-03-22 by the reprex package (v2.0.1)

спасибо за ваше решение! Всегда такой услужливый и элегантный

Sandro 23.03.2022 00:08

Привет @Daniel D. Sjoberg, в дополнение к приведенному выше коду, возможно ли иметь 95% CI для вызова all_continuous()?

Sandro 24.03.2022 03:23

Другие вопросы по теме