R: как сократить значение до одного числа внутри значения

имя_хромосомы	Начальная позиция
CHR_HSCHR7_2_CTG6	142857940
CHR_HSCHR19LRC_PGF2_CTG3_1	54316049

Я только начал использовать R. У меня есть фрейм данных имен хромосом, но я просто хочу заменить длинные имена номером хромосомы. то есть CHR_HSCHR19LRC_PGF2_CTG3_1 будет "19" Мне нужно заменить длинное имя номером сразу после символов «HRCHR». Как бы я это сделал?

Я попробовал метод ручного ввода значения замены: gsub(".*HSCHR19", "19", dataframe)

Но это занимает слишком много времени для списка из >100 значений. Я хотел бы найти способ сделать это автоматически.

r replace

22.03.2022 10:10

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?

Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...

Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией

В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.

Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox

Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...

Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest

В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...

Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️

Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...

Пользовательский скаляр GraphQL

Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...

Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 2

Ответ принят как подходящий

Ты можешь использовать

sub('^.*CHR(\\d+).*$', '\\1', Chromosome_name)
#> [1] "7"  "19"

22.03.2022 10:23

Другим потенциальным вариантом является обратное регулярное выражение, например.

library(tidyverse)

df <- read.table(text = "Chromosome_name    Start_Position
CHR_HSCHR7_2_CTG6   142857940
CHR_HSCHR19LRC_PGF2_CTG3_1  54316049", header = TRUE)

df2 <- df %>%
  mutate(Chromosome_name = str_extract(Chromosome_name, "(?<=HSCHR)\\d+"))

df2
#>   Chromosome_name Start_Position
#> 1               7      142857940
#> 2              19       54316049

^{Created on 2022-03-22 by the reprex package (v2.0.1)}

Большое спасибо, ребята, они оба работают очень хорошо, но второй закончил тем, что удалил имена хромосом, которые уже были числами (я должен был сказать, что у меня есть сочетание строк символов и чисел). Я, наконец, использовал комбинацию двух методов, описанных выше, и это сработало! df2<- df %>% mutate(имя_хромосомы=sub('^.*CHR(\\d+).*$', '\\1', имя_хромосомы))

— 22.03.2022 10:54

22.03.2022 10:26