R knit to pdf / html: преобразование документа pandoc завершилось ошибкой 2

Файл R Markdown, похоже, работает в Rstudio. Файл r Markdown можно преобразовать в word, но не в pdf / html. (Вчера возникла другая проблема, поэтому я меняю свой вопрос здесь.) Любая помощь будет оценена по достоинству!

Это контекст моего файла Markdown:

---
title: "Test"
author: "Test"
date: "2018/9/8"
output: html_document
---
## R test

```{r test}
x<-rnorm(500)
y<-rnorm(x*10)
ls()
plot(x,y)
rm(x,y)
```

This is an test.

Вот результат, который я вяжу в html:

 |......................                                           |  33%
  ordinary text without R code



processing file: test.Rmd
  |...........................................                      |  67%
label: test
  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code
/usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/_h/013l11r91m3gny4lqwsvh5qh0000gn/T//Rtmpfvxqld/rmarkdown-str268664475eb.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' 
output file: test.knit.md

--smart/-S has been removed.  Use +smart or -smart extension instead.
For example: pandoc -f markdown+smart -t markdown-smart.
Try pandoc --help for more information.
error: pandoc document conversion failed with error 2
stop processing

Вот такой результат, если я вяжу в pdf:

|......................                                           |  33%
  ordinary text without R code

  |...........................................                      |  67%
label: test


processing file: test.Rmd
  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code

    /usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.pdf --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --latex-engine /Library/TeX/texbin/pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in' 
    output file: test.knit.md

    --latex-engine has been removed.  Use --pdf-engine instead.
    Try pandoc --help for more information.
    error: pandoc document conversion failed with error 2
    stop processing

Вам необходимо показать нам (упрощенную версию) ваш исходный код.

user2554330 07.09.2018 22:52

Ответ user2554330: Я попробовал сегодня еще раз, r studio выдала другую ошибку. Сюда я добавил свой скрипт (упрощенная версия). Спасибо за напоминание.

jiang ziqi 08.09.2018 15:00

Эти сообщения об ошибках от pandoc предполагают, что вы используете несовместимые версии этого и knitr или rmarkdown. Может быть, обновить RStudio и все пакеты?

user2554330 08.09.2018 19:19
Если сомневаетесь, обновите. Я почти уверен, что вы используете старую версию rmarkdown. Эта проблема была исправлена ​​в прошлом году. Я рекомендую вам всегда предоставлять sessionInfo(), когда вы задаете вопросы о пакетах R.
Yihui Xie 09.09.2018 05:46

Чувствуя гордость за то, что я победил Ихуи до удара, ха-ха

Chris Conlan 09.09.2018 22:05
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
3
5
8 385
1

Ответы 1

Небольшая предыстория может помочь:

Pandoc - это двоичный файл Haskell (то есть отдельная часть программного обеспечения, отличного от R), который поставляется с RStudio для запуска преобразования RMarkdown. Похоже, вы получаете предупреждения об устаревании, например:

  • --latex-engine has been removed. Use --pdf-engine instead.
  • --smart/-S has been removed. Use +smart or -smart extension instead.

Это говорит мне, что у вас, вероятно, более старая версия RStudio, следовательно, более старая версия Pandoc. Вы можете переустановить RStudio, чтобы убедиться, что у вас есть соответствующая версия Pandoc, а затем выполнить отладку оттуда.

Также не забудьте переустановить knitr и rmarkdown с новейшими версиями.

Последний маленький совет: «Также не забудьте переустановить knitr и rmarkdown с новейшими версиями». ОЧЕНЬ важно (и RStudio) должен предупредить вас, что эти пакеты устарели ....

D. Woods 09.11.2018 23:54

Другие вопросы по теме