R: построение 3D-объектов в R (данные диафрагмы)

Я использую язык программирования R. Я пытаюсь следовать этому руководству здесь: http://www.semspirit.com/artificial-intelligence/machine-learning/regression/support-vector-regression/support-vector-regression-in-r/

Для известного набора данных Iris я пытаюсь построить трехмерную поверхность решения для алгоритма случайного леса (используя размеры tsne):

  library(Rtsne)
    library(dplyr)
    library(ggplot2)
    library(plotly)
    library(caret)
    library(randomForest)
    
  #data
a = iris
a <- unique(a)

#create two species just to make things easier
s <- c("a","b")
species<- sample(s , 149, replace=TRUE, prob=c(0.3, 0.7))
a$species = species
a$species = as.factor(a$species)

#split data into train/test, and then random forest 

index = createDataPartition(a$species, p=0.7, list = FALSE)
train = a[index,]
test = a[-index,]

rf = randomForest(species ~ ., data=train, ntree=50, mtry=2)

#have the model predict the test set
pred = predict(rf, test, type = "prob")
labels = as.factor(ifelse(pred[,2]>0.5, "a", "b"))
confusionMatrix(labels, test$species)


#tsne algorithm
tsne_obj_3 <- Rtsne(test[,-5], perplexity=1, dims=3)
df_m2 <- as.data.frame(tsne_obj_3$Y)

df_m2$labels = test$species

Отсюда я пытаюсь построить трехмерную поверхность принятия решений (http://www.semspirit.com/artificial-intelligence/machine-learning/regression/support-vector-regression/support-vector-regression-in-r /) :

axis_1 = df_m2$V1
axis_2 = df_m2$V2
axis_3 = df_m2$V3

plot_ly(x=as.vector(axis_1),y=as.vector(axis_2),z=axis_3, type = "scatter3d", mode = "markers", name = "Obs", marker = list(size = 3)) %>%
add_trace(x=as.vector(axis_1),y=as.vector(axis_2),z=df_m2$labels, type = "mesh3d", name = "Preds")

Но я получаю следующую ошибку:

2: In RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2") :
  minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels

3: 'mesh3d' objects don't have these attributes: 'mode', 'marker'
Valid attributes include:
'type', 'visible', 'legendgroup', 'name', 'uid', 'ids', 'customdata', 'meta', 'hoverlabel', 'stream', 'uirevision', 'x', 'y', 'z', 'i', 'j', 'k', 'text', 'hovertext', 'hovertemplate', 'delaunayaxis', 'alphahull', 'intensity', 'intensitymode', 'color', 'vertexcolor', 'facecolor', 'cauto', 'cmin', 'cmax', 'cmid', 'colorscale', 'autocolorscale', 'reversescale', 'showscale', 'colorbar', 'coloraxis', 'opacity', 'flatshading', 'contour', 'lightposition', 'lighting', 'hoverinfo', 'showlegend', 'xcalendar', 'ycalendar', 'zcalendar', 'scene', 'idssrc', 'customdatasrc', 'metasrc', 'xsrc', 'ysrc', 'zsrc', 'isrc', 'jsrc', 'ksrc', 'textsrc', 'hovertextsrc', 'hovertemplatesrc', 'intensitysrc', 'vertexcolorsrc', 'facecolorsrc', 'hoverinfosrc', 'key', 'set', 'frame', 'transforms', '_isNestedKey', '_isSimpleKey', '_isGraticule', '_bbox'
 

Создается 3D-график, но 3D-плоскость полностью отсутствует.

Может кто-нибудь, пожалуйста, скажите мне, что я делаю неправильно?

Я пытаюсь сделать так, чтобы при наведении указателя мыши на каждую точку для этой точки отображалось значение a$Sepal.Length, a$Sepal.Width, a$Petal.Length, a$Petal.Width, $ виды

Спасибо

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
2
0
381
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Когда вы позвонили add_trace(), z назначено неправильно. Этикетки не будут отображаться; вам нужно построить вероятности, которые вы определили, z=df_m2$pred.

Есть несколько способов исправить проблемы с графиком сетки, но проще всего использовать add_mesh вместо add_trace.

plot_ly(x=as.vector(axis_1),
        y=as.vector(axis_2), 
        z=axis_3, 
        type = "scatter3d",
        mode = "markers", 
        name = "Obs", 
        marker = list(size = 3)) %>% 
   add_mesh(x=as.vector(axis_1), 
            y=as.vector(axis_2), 
            z=df_m2$pred, 
            type = "mesh3d", 
            name = "Preds")

Большое спасибо! Я потратил часы, пытаясь понять это! Идеально! Всего два вопроса: как вы делаете метки (ширина лепестка, длина лепестка и т.д.) при наведении мышки на каждую точку? И можно ли сделать точки с меткой «а» синим, а «б» красным? Большое спасибо!

stats_noob 24.12.2020 03:45

Не могли бы вы взглянуть на это, если у вас есть время? stackoverflow.com/questions/65434105/… спасибо

stats_noob 25.12.2020 03:38

Другие вопросы по теме