R Scale_y_facet со скрипичным графиком: отрицательные значения журнала

Предположим, что фрейм данных

n <- 100
d <- data.frame("name" = c(rep("A", n), rep("B", n)),
                "type" = rep(c("X", "Y"), 2*n), 
                "value" = c(rnorm(n, 0, 1), rbeta(n, 1, 3)))

И следующий скрипичный сюжет:

ggplot(d, aes(name, value, fill = type)) + 
  geom_violin(trim = F, position = dodge, na.rm = T) + 
  geom_boxplot(width = 0.1, position = dodge, na.rm = T) +
  facet_wrap(facets = ~name, scales = 'free') +
  theme(legend.position = "bottom",
        axis.title.x = element_blank(), 
        legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        legend.key.width = unit(0.5, "cm"))   +
  ggh4x::scale_y_facet(
    name == "B",
    trans  = "log10",
    breaks = breaks_log(),
    labels = label_log()) 

что, к сожалению, не работает, поскольку я получаю сообщение

Warning messages:
1: In transformation$transform(x) : NaNs produced
2: In scale_facet(expr = enquo(expr), "y", ..., type = type) :
  log-10 transformation introduced infinite values.
3: In transformation$transform(x) : NaNs produced
4: In scale_facet(expr = enquo(expr), "y", ..., type = type) :
  log-10 transformation introduced infinite values.
5: In transformation$transform(x) : NaNs produced
6: In scale_facet(expr = enquo(expr), "y", ..., type = type) :
  log-10 transformation introduced infinite values.
7: In transformation$transform(x) : NaNs produced
8: In scale_facet(expr = enquo(expr), "y", ..., type = type) :
  log-10 transformation introduced infinite values.

Значения, передаваемые в преобразование журнала, строго положительные, так что это не проблема. Я предполагаю, что проблема заключается в том, что только после преобразования журнала я получаю отрицательные значения (индикатором этого является предел для оси Y, начинающийся выше 0). Итак, мне нужно настроить ось Y или, точнее, разрешить breaks принимать отрицательные значения. Как это сделать?

Вы уверены в том, что «Значения, введенные в преобразование журнала, строго положительны»?

Edward 12.04.2024 05:15

@Эдвард, я уверен.

thesecond 12.04.2024 05:27

@Эдвард, я трансформирую бревна rbeta(n, 1, 3) (name == B)

thesecond 12.04.2024 05:38

Вы бы предпочли trans = pseudo_log_trans(base = 10)? Возможно, вам придется отрегулировать перерывы.

Edward 12.04.2024 05:45
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
4
52
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

График скрипки расширяет данные на хвостах (поскольку вы не обрезали), поэтому вы можете получить некоторые отрицательные значения. Вы можете предотвратить появление предупреждений, используя преобразование pseudo_log:

ggplot(d, aes(name, value, fill = type)) + 
  geom_violin(trim = F, position = "dodge", na.rm = T) + 
  geom_boxplot(width = 0.1, position = "dodge", na.rm = T) +
  facet_wrap(facets = ~name, scales = 'free') +
  theme(legend.position = "bottom",
        axis.title.x = element_blank(), 
        legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        legend.key.width = unit(0.5, "cm"))   +
  ggh4x::scale_y_facet(
    name == "B",
    #trans  = "log10",
    #breaks = breaks_log(),
    trans  = pseudo_log_trans(base = 10),
    breaks = 10^(c(-5, -1, 0)),
    labels = label_log()) 

Обратите внимание: если вы пропустите вызов violin_plot (или обрежете хвосты), вы не получите предупреждений.

Другие вопросы по теме