Рассчитать прямые зависимости между значениями кадра данных в R

Один из вариантов — создать группы со значениями pmin и pmaxc1 и c2 и взять разницу между двумя значениями. Это вернет NA для групп только с одним значением, мы можем replace эти NA к первому значению в группе.

library(dplyr)

df %>%
  group_by(group1 = pmin(c1, c2), group2 = pmax(c1, c2)) %>%
  mutate(dep = N[1] - N[2], 
         dep = replace(dep, is.na(dep), N[1])) %>%
  ungroup() %>%
  select(-group1, -group2)

#   c1    c2      N   dep
#  <chr> <chr> <int> <int>
#1 a     b        30    20
#2 a     c         5     0
#3 a     d        10    10
#4 c     a         5     0
#5 b     a        10    20

Идея с использованием базы R состоит в том, чтобы отсортировать столбцы c1 и c2, разделить на основе этих значений и вычесть N, т.е.

i1 <- paste(pmin(df$c1, df$c2), pmax(df$c1, df$c2))
i1
#[1] "a b" "a c" "a d" "a c" "a b"

do.call(rbind, lapply(split(df, i1), function(i) {i['DepValue'] <- Reduce(`-`, i$N); i}))
#      c1 c2  N DepValue
#a b.1  a  b 30       20
#a b.5  b  a 10       20
#a c.2  a  c  5        0
#a c.4  c  a  5        0
#a d    a  d 10       10

D <- read.table(header=TRUE, stringsAsFactors = FALSE, text=
"c1  c2   N
a    b   30
a    c   5
a    d   10
c    a   5
b    a   10")

N12 <- D$N
names(N12) <- paste0(D$c1, D$c2)
N21 <- N12[paste0(D$c2, D$c1)]
D$depValue <- D$N - ifelse(is.na(N21), 0, N21)

результат:

> D
  c1 c2  N depValue
1  a  b 30       20
2  a  c  5        0
3  a  d 10       10
4  c  a  5        0
5  b  a 10      -20