Сбой каскадного удаления JPA с помощью пользовательского метода удаления

В случае удаления сущности через bagRepository.deleteById(bag.getId()) Hibernate будет удалена из родительской сущности в дочернюю, поскольку вы определили каскад = CascadeType.ALL для отношения. Когда мы выполняем какое-либо действие над целевым объектом, то же самое действие будет применено к связанному объекту. Логика находится в спящем режиме и не использует каскады баз данных.

    @OneToMany(mappedBy = "bag", cascade = CascadeType.ALL, orphanRemoval = true)
    private List<Item> items;

В случае bagRepository.deleteByUidAndName(uid, name) вы определили собственный запрос на удаление. Это означает, что логика Hibernate будет проигнорирована, а запрос будет выполняться как есть. В этом случае вы работаете напрямую с базой данных, и для удаления записи через собственный SQL вам нужно определить ON DELETE CASCADE на уровне базы данных, чтобы иметь аналогичную логику.

    @Query(value = "DELETE FROM `bag` WHERE `uid` = :uid AND `name` = :name", nativeQuery = true)
    void deleteByUidAndName(@Param("uid") Long uid, @Param("name") String name);

Решение 1, @OnDelete(действие = OnDeleteAction.CASCADE)

Если у вас есть автоматически сгенерированные таблицы, вы можете добавить к отношению специфичную для Hibernate аннотацию @OnDelete. Во время генерации таблиц ON DELETE CASCADE будет применяться к ограничению внешнего ключа.
Определение отношения:

    @OneToMany(mappedBy = "bag", cascade = CascadeType.ALL, orphanRemoval = true)
    @OnDelete(action = OnDeleteAction.CASCADE)
    private List<Item> items;

Автоматически сгенерированная константа:

    alter table item 
       add constraint FK19sn210fxmx43i8r3icevbeup 
       foreign key (bid) 
       references bag 
       on delete cascade

Реализация:

import org.hibernate.annotations.OnDelete;
import org.hibernate.annotations.OnDeleteAction;

import javax.persistence.*;
import java.util.List;

@Entity
@Table(name = "bag")
public class Bag {
    @Id
    private Long id;
    @Column(name = "uid")
    private Long uid;
    @Column(name = "name")
    private String name;

    @OneToMany(mappedBy = "bag", cascade = CascadeType.ALL, orphanRemoval = true)
    @OnDelete(action = OnDeleteAction.CASCADE)
    private List<Item> items;
}

Решение 2, аннотация @JoinColumn с внешним ключом ON DELETE CASCADE
Укажите внешний ключ с ON DELETE CASCADE для Item объекта

    @ManyToOne(fetch = FetchType.LAZY)
    @JoinColumn(name = "bid", referencedColumnName = "id",
            foreignKey = @ForeignKey(
                    name = "FK_ITEMS_ID",
                    foreignKeyDefinition = "FOREIGN KEY (ID) REFERENCES ITEM(BID) ON DELETE CASCADE"))
    private Bag bag;

Реализация:

import javax.persistence.*;

@Entity
@Table(name = "item")
public class Item {
    @Id
    private Long id;

    @ManyToOne(fetch = FetchType.LAZY)
    @JoinColumn(name = "bid", referencedColumnName = "id",
            foreignKey = @ForeignKey(
                    name = "FK_ITEMS_ID",
                    foreignKeyDefinition = "FOREIGN KEY (ID) REFERENCES ITEM(BID) ON DELETE CASCADE"))
    private Bag bag;
}

Решение 3, не используйте собственный запрос
В этом случае будет применена логика Hibernate.
Определите репозиторий, например:

@Repository
public interface BagRepository extends JpaRepository<Bag, Long> {
    Bag findByUidAndName(Long uid, String name);

    @Transactional
    @Modifying   
    void deleteByUidAndName(@Param("uid") Long uid, @Param("name") String name);
}

Решение 4. Добавьте в базу данных ON DELETE CASCADE вручную.
Если ваша таблица не генерируется автоматически, вы можете вручную добавить ON DELETE CASCADE в базу данных.

    alter table item 
       add constraint FK_BAG_BID
       foreign key (bid) 
       references bag 
       on delete cascade