«scancel: ошибка: недопустимый идентификатор задания. Отправлено пакетное задание» с параметром --cluster-cancel от змеи
Я запускаю змейку с помощью этой команды:
snakemake --profile slurm -j 1 --cores 1 --cluster-cancel "scancel"
который записывает это в стандартный вывод:
Submitted job 224 with external jobid 'Submitted batch job 54174212'.
но после того, как я отменил запуск с помощью ctrl + c, я получаю следующую ошибку:
scancel: error: Invalid job id Submitted batch job 54174212
Я бы предположил, что jobid 'Submitted batch job 54174212'
а змейка пытается запуститься scancel 'Submitted batch job 54174212' вместо ожидаемого scancel 54174212. Если это так, как мне изменить jobid на что-то, что работает со scancel?
Ответы 1
Ваше подозрение, вероятно, верно, snakemake, вероятно, пытается отменить не ту работу (id Submitted batch job 54174212).
Проверьте свой профиль slurm на предмет snakemake, который вы вызываете (стандартное расположение ~/.config/snakemake/slurm/config.yaml):
Содержит ли он флаг --parsable для sbatch?
Отсутствие этого флага — ошибка, которую я совершил раньше. Добавление флага решило это для меня.