SLURM: один и тот же сценарий запускается для разных, но последовательно пронумерованных файлов

Кластер, который я использую, только что переключился на SLURM, и я пытаюсь сделать что-то очень простое. У меня есть сценарий, который я хочу запустить для множества файлов, пронумерованных последовательно, например:

python script.py file1.gz
python script.py file2.gz
python script.py file3.gz

У меня есть несколько кусочков, но я не могу понять, как их собрать и запустить. Я думаю, мне нужно использовать #SBATCH --array=0-29 для вызова количества файлов, и $SLURM_ARRAY_TASK_ID тоже задействован.

#!/bin/bash -l
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --mem=4G
#SBATCH --array=0-29   ##my files go from file1 - file30

$SLURM_ARRAY_TASK_ID

Я не уверен, как объединить SBATCH --array и ARRAY_TASK_ID, чтобы script.py работал со всеми файлами сразу.

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
31
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

У вас почти есть это:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --mem=4G
#SBATCH --array=1-30   ##my files go from file1 - file30

python script.py "file${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.gz"

Вам лучше пронумеровать элементы массива, как нумерацию файлов, которая у вас есть. А затем вызовите сценарий с правильным именем файла, созданного с помощью этой переменной SLURM.

Этот сценарий отправки заданий ставит в очередь массив заданий, каждое задание имеет ограничение по времени 24 часа, использует до 4 ГБ памяти и выполняет только одну задачу (для одного процессора).

Другие вопросы по теме