Сначала отсортируйте строки двумерного массива по столбцу значений с отрицательными значениями, затем отсортируйте по убыванию абсолютных значений

Если у $data есть ваш вклад, вы можете вызвать usort следующим образом:

usort($data, function ($a, $b) {
    $res = ($b[1] < 0) - ($a[1] < 0);
    $diff = abs($b[1]) - abs($a[1]);
    return $res ? $res : ($diff > 0) - ($diff < 0);
});

После того, как это будет выполнено, $data будет иметь желаемый порядок.

Сначала отсортируйте по минусам, а затем по убыванию абсолютного значения.

Код: (Демо)

usort(
    $array,
    fn($a, $b) => [$b[1] < 0, abs($b[1])]
                  <=>
                  [$a[1] < 0, abs($a[1])]
);

Или отделите вызовы abs() в качестве второй/запасной оценки: (Demo)

usort(
    $array,
    fn($a, $b) => ($b[1] < 0 <=> $a[1] < 0)
                  ?: (abs($b[1]) <=> abs($a[1]))
);

Возможно, более эффективным, но менее кратким было бы изолировать абсолютные значения, вызывая abs() для каждого значения только один раз.

Код: (Демо)

$notNegs = [];
$absVals = [];
foreach ($array as [1 => $v]) {
    $abs = abs($v);
    $absVals[] = $abs;
    $notNegs[] = $v === $abs;
}
array_multisort($notNegs, $absVals, SORT_DESC, $array);