Snakemake: адаптируем конвейер к новой версии 8.18.1

Вы по-прежнему можете использовать пути к каталогам в директиве input, но не со специальным флагом directory(), предназначенным для обозначения того, что его можно удалить в начале выполнения, и чтобы не обнаруживать изменения в отображении каталога, поскольку изменения требуют повторного использования. -выполнение правил, как описано в документации здесь.
Это модифицированная версия, которая работала у меня со Snakemake версии 8.18.1.

OUTDIR = "first_directory"
SNDDIR = "second_directory"
THRDIR = "third_directory"


def combine(wildcards):
    # read the first set of outputs
    ck_output = checkpoints.make_some_files.get(**wildcards).output[0]
    FIRSTS, = glob_wildcards(os.path.join(ck_output, "{sample}.txt"))
    # read the second set of outputs
    sn_output = checkpoints.make_more_files.get(**wildcards).output[0]
    SECONDS, = glob_wildcards(os.path.join(sn_output, "{smpl}.txt"))
    return expand(os.path.join(THRDIR, "{first}.{second}.tsv"), first=FIRSTS, second=SECONDS)

rule all:
    input: 
        OUTDIR,
        SNDDIR,
        combine

checkpoint make_some_files:
    output:
        directory(OUTDIR)
    shell:
        """
        mkdir {output};
        N=$(((RANDOM%5)+1));
        for D in $(seq $N); do
            touch {output}/$RANDOM.txt
        done
        """

checkpoint make_more_files:
    output:
        directory(SNDDIR)
    shell:
        """
        mkdir {output};
        N=$(((RANDOM%5)+1));
        for D in $(seq $N); do
            touch {output}/$RANDOM.txt
        done
        """

rule make_third_files:
    input:
        OUTDIR,
        SNDDIR,
    output:
        os.path.join(THRDIR, "{first}.{second}.tsv")
    shell:
        """
        touch {output}

Другое изменение заключается в том, что я добавил первые два выходных каталога в input главного правила.

Вы можете увидеть настройку для работы в сеансе Jupyter и результат здесь.
Вы даже можете легко запустить его самостоятельно, не касаясь своей системы, во временном сеансе Jupyter, обслуживаемом MyBinder.org, если вы зайдете туда и следуйте инструкциям вверху, чтобы запустить сеанс, а затем загрузите в него этот блокнот и запустите все клетки.