Snakemake - Как использовать каждую строку входного файла в качестве подстановочного знака

Я новичок в использовании Snakemake, и я просмотрел SO, чтобы узнать, есть ли решение для приведенного ниже - я почти очень близок к решению, но еще не там.

У меня есть файл с одним столбцом, содержащий список идентификаторов SRA, и я хочу использовать змейку для определения своих правил, чтобы каждый идентификатор SRA из этого файла становился параметром в командной строке.

#FileName = Samples.txt
Samples
SRR5597645
SRR5597646
SRR5597647

Змеиный файл ниже:

from pathlib import Path
shell.executable("bash")
import pandas as pd
import os
import glob
import shutil

configfile: "config.json"

data_dir=os.getcwd()

units_table = pd.read_table("Samples.txt")
samples= list(units_table.Samples.unique())

#print(samples)

rule all:
    input:
           expand("out/{sample}.fastq.gz",sample=samples)

rule clean:
     shell: "rm -rf .snakemake/"

include: 'rules/download_sample.smk'

download_sample.smk

rule download_sample:
    """
    Download RNA-Seq data from SRA.
    """
    input: "{sample}"
    output: expand("out/{sample}.fastq.gz", sample=samples)
    params:
        outdir = "out",
        threads = 16
    priority:85
    shell: "parallel-fastq-dump --sra-id {input} --threads {params.threads} --outdir {params.outdir}  --gzip "

Я пробовал много разных вариантов приведенного выше кода, но где-то ошибся.

Что я хочу: для каждой записи в файле Samples.txt я хочу, чтобы выполнялась команда parallel-fastq-dump. Поскольку у меня есть 3 записи в Samples.txt, я хотел бы, чтобы эти 3 команды выполнялись

parallel-fastq-dump --sra-id SRR5597645 --threads 16 --outdir out --gzip

parallel-fastq-dump --sra-id SRR5597646 --threads 16 --outdir out --gzip

parallel-fastq-dump --sra-id SRR5597647 --threads 16 --outdir out --gzip

Это ошибка, которую я получаю

snakemake -np
WildcardError in line 1 of rules/download_sample.smk:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'sample'

заранее спасибо