Событие MouseClick и MoveTo не работает на 2-й части, которая возникла

Будет ли это работать, было трудно понять ваш вопрос, но я думаю, что вы говорите, что клон не появится после повторного щелчка. Ну это сработало? Кроме того, вам не нужно иметь событие щелчка внутри цикла, а для создания клона каждый раз, когда игрок щелкает, внутри функции щелчка вы создаете клон переменной Clone.

local flowers = game.ReplicatedStorage.Flowers.level1:GetChildren()
local selection = math.random(1,#flowers)
local Clone = flowers[selection]:Clone()

local ClickDetector = Instance.new("ClickDetector")
ClickDetector.Parent = Clone
ClickDetector.MaxActivationDistance = 500

local spawners = workspace.Spawners.level1:GetChildren()
local spawnSelection = math.random(1,#spawners)
local spawner = spawners[spawnSelection]

while true do

    wait(1)
    if Clone.Parent == nil then
        Clone.Parent = workspace.Flowers.level1
        Clone.CFrame = spawner.CFrame + Vector3.new(math.random(-5,5),1,math.random(-5,5))
        print("Clone added")
    end

end
ClickDetector.MouseClick:Connect(function(playerWhoClicked)
    _clone = Clone:Clone()
    playerWhoClicked.Character.Humanoid:MoveTo(_clone.Position,_clone)
    print("clicked")

    wait(1)

    _clone:Destroy()
    print("_clone removed")

    local flowerValue = playerWhoClicked.leaderstats.Flowers
    local coinsValue = playerWhoClicked.leaderstats.Coins
    flowerValue.Value = flowerValue.Value + 1
    coinsValue.Value = coinsValue.Value + 5
end)

Ваша проблема в том, что функция в ClickDetector использует ссылку на Clone, и когда Clone уничтожается, он больше не существует. Ваш код будет работать, если он просто удалит объект из мира, а не уничтожит его.

-- choose a random flower and clone it
local flowers = game.ReplicatedStorage.Flowers.level1:GetChildren()
local selection = math.random(1,#flowers)
local Clone = flowers[selection]:Clone()

-- configure a click detector into the cloned flower
local ClickDetector = Instance.new("ClickDetector")
ClickDetector.Parent = Clone
ClickDetector.MaxActivationDistance = 500
ClickDetector.MouseClick:Connect(function(playerWhoClicked)
    -- when a player clicks on the flower, move the player over to it
    playerWhoClicked.Character.Humanoid:MoveTo(Clone.Position,Clone)
    print("clicked")

    -- remove the cloned flower from the workspace, but don't destroy it
    wait(1)
    Clone.Parent = nil -- << simply hide it from the world

    -- award the player with some points
    local flowerValue = playerWhoClicked.leaderstats.Flowers
    local coinsValue = playerWhoClicked.leaderstats.Coins
    flowerValue.Value = flowerValue.Value + 1
    coinsValue.Value = coinsValue.Value + 5
end)

-- choose a random spawn location
local spawners = workspace.Spawners.level1:GetChildren()
local spawnSelection = math.random(1,#spawners)
local spawner = spawners[spawnSelection]

-- begin a loop to place the flower into the world
while true do

    wait(1)
    -- if the flower isn't visible, place it near a specific location
    if Clone.Parent == nil then
        Clone.Parent = workspace.Flowers.level1
        Clone.CFrame = spawner.CFrame + Vector3.new(math.random(-5,5),1,math.random(-5,5))
        print("Clone added into the world")

        -- now wait for a player to click on it and unparent it.
        -- this case will come back around a second later, and it will be added back in.
    end

end

Таким образом, вам не придется беспокоиться о втором или третьем появлении цветка, потому что всегда будет только один цветок.