Создайте общую ось X для нескольких графиков коровьего графика

У меня есть несколько сюжетов, созданных с помощью ggplot2, которые я компоную вместе с помощью cowplot. Все они имеют одинаковую длину и ось X с одинаковыми разрывами в одних и тех же местах, но с разными метками.

Это МВЕ:

mylist <- list()
mylist[["ID1"]][["sequence"]] <- "AGAATATTATACATTCATCT"
mylist[["ID2"]][["sequence"]] <- "GCTAGCGTTTAGTTTAGCTG"
mylist[["ID3"]][["sequence"]] <- "AACCCTTTAAACTCGAAGTA"
set.seed(123)
mylist[["ID1"]][["data"]] <- data.frame(time=1:100, value=rnorm(100, mean=10, sd=2))
mylist[["ID2"]][["data"]] <- data.frame(time=1:100, value=rnorm(100, mean=2, sd=1))
mylist[["ID3"]][["data"]] <- data.frame(time=1:100, value=rnorm(100, mean=5, sd=3))
indexes <- seq(5, 100, length.out=20)
all_df <- NULL
for (id in names(mylist)){
  seqsplit <- unlist(strsplit(mylist[[id]][["sequence"]], ""))
  ind_df <- data.frame(call=seqsplit, time=indexes)
  final_df <- dplyr::left_join(mylist[[id]][["data"]], ind_df, by = "time")
  xcolors <- ifelse(seqsplit= = "A", "green", ifelse(seqsplit= = "C", "blue", ifelse(seqsplit= = "G", "black", "red")))
  P <- ggplot2::ggplot(final_df, ggplot2::aes(x=time, y=value)) +
    ggplot2::geom_line(linewidth=0.5) +
    ggplot2::scale_x_continuous(breaks=indexes, labels=seqsplit, expand=c(0,1)) +
    ggplot2::scale_y_continuous(breaks=seq(-5, 15, 5), limits=c(-5,15)) +
    ggplot2::theme_light() +
    ggplot2::theme(axis.title=ggplot2::element_blank(),
                   axis.text.x=ggtext::element_markdown(face = "bold", color=xcolors))
  mylist[[id]][["plot"]] <- P
}
plot_list <- sapply(mylist, "[", "plot")
grDevices::pdf(file = "test.pdf", height=4, width=10)
print(
  cowplot::plot_grid(plotlist=plot_list, ncol=1)
)
grDevices::dev.off()

который производит:

Чего я хочу добиться сейчас, так это сделать общую ось X для всех с общим indexes (или, скорее, от 1 до длины последовательностей), которую я бы поместил поверх cowplot; что-то вроде этого:

Это, вероятно, потребует создания линейки индексов по оси X как отдельной ggplot2 одинаковой ширины (с учетом горизонтального пространства по оси Y и всего остального), а затем поместит ее на cowplot с соответствующей относительной высотой... любая помощь добро пожаловать!

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
2
0
50
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Один из способов — добавить дополнительную ось X в верхней части первого графика:

for (id in names(mylist)){
...
  P <- ggplot(final_df, ggplot2::aes(x=time, y=value)) +
    geom_line(linewidth=0.5) +
    scale_y_continuous(breaks=seq(-5, 15, 5), limits=c(-5,15)) +
    theme_light() 
    

  if (id= = "ID1") {
    P <- P + scale_x_continuous(breaks=indexes, labels=seqsplit, expand=c(0,1),
                                     sec.axis = sec_axis(~.,
                                                         breaks=indexes, labels=seq_along(indexes))) +
      theme(axis.title=element_blank(),
            axis.text.x.top = ggtext::element_markdown(color='white', fill = "steelblue", 
                                                       padding=unit(c(1, 8, 1, 8), "pt")))
  }
  else {
    P <- P + scale_x_continuous(breaks=indexes, labels=seqsplit, expand=c(0,1)) +
      theme(axis.title=element_blank(),
            axis.text.x=ggtext::element_markdown(face = "bold", color=xcolors))
  }

  mylist[[id]][["plot"]] <- P
}

Это идеально! sec.axis это именно то, что мне было нужно с самого начала... Я думала, что будет сложнее. Спасибо!

DaniCee 03.09.2024 06:33

Другие вопросы по теме