Создание дерева из списка ввода, а затем увеличение счетчика в любое время, когда есть дочерний элемент, и получение идентификатора родительского узла?

Эта версия ответа учитывает оба момента, поднятые в комментариях.

Имейте в виду, что если вы измените формат текста, вам может потребоваться настроить Regex, чтобы получить secondWord. Вот ссылка на текущее регулярное выражение.

Основной код:

//Path of the file you want to reading
const string readPath = @"C:\Users\ak\Desktop\testInput.txt";
//Path of the file you want to save to
const string writePath = @"C:\Users\ak\Desktop\testOutput.txt";

//Get the content of readPath
string[] lines = File.ReadAllLines(readPath);

//Create new List for firstWords
List<string> firstWords = new List<string>();
//Create new List for secondWords
List<string> secondWords = new List<string>();
//Create New List for Parents
List<Parent> parents = new List<Parent>();


//Go through each line of your file
int firstDigit = 1;
foreach (string line in lines)
{
    //Get the first word of the line
    string firstWord = line.Split(' ')[0];
    //Get the second word of the line
    Regex regex = new Regex(@"-vs-\s(\S+)"); 
    string secondWord = regex.Match(line).Groups[1].Value;

    //Add new Parent for the words if it doesn't exist already
    if (!parents.Where(o => o._firstWord == firstWord).Select(o => o._secondWord).Contains(secondWord))
    {
        parents.Add(new Parent(firstWord, secondWord, firstDigit));
        firstDigit++;
    }

    //Add firstWord to List
    firstWords.Add(firstWord);
    //Add secondWord to List
    secondWords.Add(secondWord);
}

//Go through each firstWord
int index = 0;
foreach (string word in firstWords)
{
    //Get the Parent corresponding to the word
    Parent parent = parents.Where(o => o._firstWord == word && o._secondWord == secondWords[index]).FirstOrDefault();

    //Add the numbers to the text lines
    if (parent._firstAppearance)
    {
        //Only one digit => ex: 1
        lines[index] = parent._firstDigit + ": " + lines[index];
        parent._firstAppearance = false;
    }
    else
    {
        //Two digits => ex: 1-2
        lines[index] = parent._firstDigit + "-" + parent._secondDigit + ": " + lines[index];
        parent._secondDigit++;
    }

    index++;
}

//Save text to new file
using (StreamWriter writer = new StreamWriter(writePath, true))
{
    foreach (string line in lines)
    {
        writer.WriteLine(line);
    }
}

Родительский класс:

class Parent
{
    public string _firstWord { get; }
    public string _secondWord { get; }
    public int _firstDigit { get; }
    public int _secondDigit { get; set; }
    public bool _firstAppearance { get; set; }

    public Parent(string firstWord, string secondWord, int firstDigit)
    {
        _firstWord = firstWord;
        _secondWord = secondWord;
        _firstDigit = firstDigit;
        _secondDigit = 1;
        _firstAppearance = true;
    }
}

Не забудьте добавить эти пространства имен:

using System.Collections.Generic;
using System.IO;
using System.Linq;
using System.Text.RegularExpressions;