Создание тепловой карты для дифференциальной экспрессии генов с использованием тепловой карты.2

Я пытаюсь создать тепловую карту разных генов и продолжаю сталкиваться с проблемой, что мои данные не читаются как числовые. Я думаю, это потому, что первый столбец — это имена генов, а следующие 6 — значения. Я пробовал as.matrix, as.numeric и Melt, чтобы заставить его работать, но пока не добился успеха. Пример кода будет выглядеть следующим образом (я думаю). dat = (gene = c("gene1" , "gene2" , "gene3" , "gene4") , sample1 = c(1.3, -.6, .05, .69), sample2 = c(1.8,.05,-.98, .42))

3 метода стилизации элементов HTML
3 метода стилизации элементов HTML
Когда дело доходит до применения какого-либо стиля к нашему HTML, существует три подхода: встроенный, внутренний и внешний. Предпочтительным обычно...
Формы c голосовым вводом в React с помощью Speechly
Формы c голосовым вводом в React с помощью Speechly
Пытались ли вы когда-нибудь заполнить веб-форму в области электронной коммерции, которая требует много кликов и выбора? Вас попросят заполнить дату,...
Стилизация и валидация html-формы без использования JavaScript (только HTML/CSS)
Стилизация и валидация html-формы без использования JavaScript (только HTML/CSS)
Будучи разработчиком веб-приложений, легко впасть в заблуждение, считая, что приложение без JavaScript не имеет права на жизнь. Нам становится удобно...
Flatpickr: простой модуль календаря для вашего приложения на React
Flatpickr: простой модуль календаря для вашего приложения на React
Если вы ищете пакет для быстрой интеграции календаря с выбором даты в ваше приложения, то библиотека Flatpickr отлично справится с этой задачей....
В чем разница между Promise и Observable?
В чем разница между Promise и Observable?
Разберитесь в этом вопросе, и вы значительно повысите уровень своей компетенции.
Что такое cURL в PHP? Встроенные функции и пример GET запроса
Что такое cURL в PHP? Встроенные функции и пример GET запроса
Клиент для URL-адресов, cURL, позволяет взаимодействовать с множеством различных серверов по множеству различных протоколов с синтаксисом URL.
1
0
36
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Согласно ?gplots::heatmap.2() ожидается матрица только с числовыми значениями, но когда вы делаете что-то вроде:

matrix(
  c(
    gene = c("gene1" , "gene2" , "gene3" , "gene4") ,
    sample1 = c(1.3,-.6, .05, .69),
    sample2 = c(1.8, .05, -.98, .42)
  ),
  nrow = 4
)
#>      [,1]    [,2]   [,3]   
#> [1,] "gene1" "1.3"  "1.8"  
#> [2,] "gene2" "-0.6" "0.05" 
#> [3,] "gene3" "0.05" "-0.98"
#> [4,] "gene4" "0.69" "0.42"

Created on 2022-04-23 by the reprex package (v2.0.1)

вы можете видеть, что все значения являются символами. Как вы подозревали, это связано с тем, что первый столбец является текстовым, поэтому, если мы его удалим, мы получим числовую матрицу:

matrix(
  c(
    sample1 = c(1.3,-.6, .05, .69),
    sample2 = c(1.8, .05, -.98, .42)
  ),
  nrow = 4
)
#>       [,1]  [,2]
#> [1,]  1.30  1.80
#> [2,] -0.60  0.05
#> [3,]  0.05 -0.98
#> [4,]  0.69  0.42

Created on 2022-04-23 by the reprex package (v2.0.1)

Однако мое предпочтительное решение - сохранить эти значения в фрейме данных:

dat <- data.frame(
  gene = c("gene1" , "gene2" , "gene3" , "gene4") ,
  sample1 = c(1.3,-.6, .05, .69),
  sample2 = c(1.8, .05, -.98, .42)
)

dat
#>    gene sample1 sample2
#> 1 gene1    1.30    1.80
#> 2 gene2   -0.60    0.05
#> 3 gene3    0.05   -0.98
#> 4 gene4    0.69    0.42

Created on 2022-04-23 by the reprex package (v2.0.1)

Фреймы данных могут хранить значения разных классов в разных столбцах, поэтому ваши sample* переменные не преобразуются в символы.

Чтобы вернуть это в матрицу, вы подмножаете свой фрейм данных и используете as.matrix(). Вот пример использования dplyr для подмножества:

library(dplyr)

gplots::heatmap.2(
  dat %>% select(-gene) %>% as.matrix()
)

Created on 2022-04-23 by the reprex package (v2.0.1)

Когда я запускаю его, я получаю случайное число в правой части моей тепловой карты, за исключением этого, он работает так же, как и ваш. Чтение страницы справки r не помогло мне определить проблему или команду для исправления - вы знаете, что это такое?

Eric Pachowicz 23.04.2022 21:07

Другие вопросы по теме