Таймер внутри таймера

Я думаю, ты очень близок! Просто убедитесь, что ваш 5-секундный цикл сбрасывается каждый раз после завершения. Кроме того, возможно, сохраните время как переменные, чтобы вам не приходилось так часто вызывать time.time().

Я бы также заменил последний elif на if, чтобы вы могли запускать и пятисекундный цикл, и пятиминутный перерыв в одной итерации.

Завершенный код выглядит следующим образом:

start_time = time.time()
timeout = start_time + 5
five_min = start_time + (60 * 5)  # 1 minutes

while True:
    cookie.click()
    curr_time = time.time()
    if curr_time > timeout:
        five_seconds_check()
        timeout = curr_time + 5
    if time.time() > five_min:
        break

Есть и другие, более эффективные способы сделать это, которые не полагаются на непрерывные циклы while; рассмотрите возможность поиска решений, основанных на time.sleep() или модуле sched.

на случай, если кто-то сталкивается с той же проблемой или просто хочет посмотреть — это окончательный результат после того, как я получил некоторую информацию и внес дополнительные изменения в общий код, поскольку в нем было несколько ошибок, за исключением времени петля.

import time
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.by import By

chrome_options = webdriver.ChromeOptions()
chrome_options.add_experimental_option("detach", True)

driver = webdriver.Chrome(options=chrome_options)
driver.get("https://orteil.dashnet.org/experiments/cookie/")
driver.maximize_window()

#######################ELEMENTS & CONVERTING TO LISTS\DICT#######################
cookie = driver.find_element(By.CSS_SELECTOR, '#cookie')
all_prices = driver.find_elements(By.CSS_SELECTOR, '#store b')
all_ids = driver.find_elements(By.CSS_SELECTOR, '#store div')
new_all_prices = []
new_all_ids = []
for new_id in all_ids:
    new_all_ids.append(new_id.get_attribute("id"))
for price in all_prices:
    a, b, c = price.text.partition('-')
    new_price = c.replace(" ", "")
    if c == "":
        pass
    else:
        new_all_prices.append(int(c.replace(" ", "").replace(",", "")))

tuples = [(key, value)
          for i, (key, value) in enumerate(zip(new_all_prices, new_all_ids))]


#######################FUNCTIONS#######################

def five_seconds_check():
    for key, value in myDict.items():
        score = driver.find_element(By.CSS_SELECTOR, '#money')
        scoreNum = int(score.text.replace(",", ""))
        if scoreNum >= key:
            my_clickable_purchase = driver.find_element(By.CSS_SELECTOR, f'#{value}')
            my_clickable_purchase.click()
            break


myDict = dict(tuples.__reversed__())

start_time = time.time()
timeout = start_time + 5
five_min = start_time + (60 * 5)  # 5 minutes

while time.time() < five_min:
    cookie.click()
    if time.time() >= timeout:
        five_seconds_check()
        timeout = time.time() + 5

#########################CLOSING BROWSER#########################
time.sleep(5)
driver.close()