Tifffile не может распаковать JPEG, потому что JPEG не в формате TIFF

import tifffile
f = 'some.tif'
img = tifffile.imread(f)

Выдает ошибку:

~/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py in imread(files, **kwargs)
    443     if isinstance(files, basestring) or hasattr(files, 'seek'):
    444         with TiffFile(files, **kwargs_file) as tif:
--> 445             return tif.asarray(**kwargs)
    446     else:
    447         with TiffSequence(files, **kwargs_seq) as imseq:

~/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py in asarray(self, key, series, out, validate, maxworkers)
   1900                     typecode, product(series.shape), out=out, native=True)
   1901         elif len(pages) == 1:
-> 1902             result = pages[0].asarray(out=out, validate=validate)
   1903         else:
   1904             result = stack_pages(pages, out=out, maxworkers=maxworkers)

~/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py in asarray(self, out, squeeze, lock, reopen, maxsize, validate)
   3376             if self.compression not in TIFF.DECOMPESSORS:
   3377                 raise ValueError(
-> 3378                     'cannot decompress %s' % self.compression.name)
   3379             if 'SampleFormat' in tags:
   3380                 tag = tags['SampleFormat']

ValueError: cannot decompress JPEG

Примечание. Кажется, что я получаю сообщение об ошибке только для больших изображений в формате tif. Кроме того, версия tifffile - 0.15.1.

ОБНОВИТЬ- После использования pip для установки imagecodes>=2018.10.22 я получаю следующую ошибку:

img=tifffile.imread(f)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/somename/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py", line 581, in imread
return tif.asarray(**kwargs)
  File "/home/somename/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py", line 2042, in asarray
maxworkers=maxworkers)
  File "/home/somename/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py", line 3813, in asarray
strip = decompress(strip)
  File "/home/somename/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py", line 3700, in decompress
out)
  File "/home/somename/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/imagecodecs/imagecodecs.py", line 678, in jpeg_decode
'JPEG tables, colorspace, and outcolorspace otions not supported')
NotImplementedError: JPEG tables, colorspace, and outcolorspace otions not supported

На Linux-машине, на которой tifffile не может открыть большой tif в ~/.conda/envs/cmap_py3/lib/python3.6/site-packages/imagecodecs, я вижу

__init__.py
licencses
__pycache__
imagecodecs.py

На машине с Windows, на которой tifffile может открыть большой tif в ls C:\\Anaconda2\\envs\\tensorflow35\\lib\\site-packages\\imagecodecs\\, я вижу

__init__.py
licenses
__pycache__
imagecodecs.py
_imagecodecs.cp35-win_amd64.pyd
_jpeg12.cp35-win_amd64.pyd

Ваш файл TIFF сжат в формате JPEG, что относительно недавно. Откуда ты это взял? Какое приложение? Вы можете повторно сжать его, чтобы использовать сжатие LZW вместо этого в командной строке с помощью ImageMagick, используя magick input.tif -compress lzw output.tif

Mark Setchell 25.10.2018 23:08

Я не знаю первоисточник изображения. Кроме того, это на машине с Linux. Кажется, та же версия tifffile может открыть изображение на моей машине с Windows. Я пробовал посмотреть свои библиотеки Python и другие зависимости, но не могу найти проблему.

user3731622 25.10.2018 23:16

Чтобы читать файлы TIFF со сжатием JPEG, используйте tifffile> = 2018.10.18 с imagecodecs> = 2018.10.22

cgohlke 26.10.2018 00:01

Кажется, у меня установлен imagecodecs 20.18.222, но когда я импортирую его, я получаю сообщение об ошибке .../site-packages/imagecodecs/__init__.py:11: UserWarning: No Module named 'imagecodecs._imagecodecs` The _imagecodecs Cython extension module could not be found. Using a fallback module with limited functionality and performance. `\n\nThe _imagecodecs Cython extension module could not be found.\n' Затем imagecodecs.__version__ отображается как 2018.10.21.py

user3731622 26.10.2018 00:22

Я имел ввиду imagecodecs 20.18.22

user3731622 26.10.2018 00:34

Сегодня я столкнулся с той же проблемой, используя последние версии как Cython, так и кодеков изображений. Есть идеи, как это исправить?

FiReTiTi 07.11.2018 08:10

Я не нашел ответа с помощью tifffile. Я использовал opencv, чтобы открыть файл.

user3731622 07.11.2018 20:47

@cgohlke Я установил последние кодеки изображений и tifffile с помощью pip install, но по-прежнему получаю эту ошибку ... Есть идеи, что могло пойти не так? Благодарность !

Benjamin Dubreu 07.05.2020 12:02
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
3
8
4 486
1

Ответы 1

Думаю, у меня были те же проблемы, что и у вас, @ user3731622

Попробуйте этот код, как рекомендовано @cgohlke:

!pip install tifffile 
!pip install imagecodecs 
import numpy 
import tifffile as tiff 
img = tiff.imread('/content/gdrive/My Drive/My Driver/imageToDriveExample.tif') 
matrix = img[:,:,:] 
print(matrix)

Другие вопросы по теме