Цепочка правил динамического ввода / вывода в snakemake

Я пытаюсь создать конвейер, в котором небольшая цепочка правил выполняется для динамического числа файлов, выводимых более ранним правилом с использованием вывода. Однако я получаю следующую ошибку: «Подстановочные знаки во входных файлах не могут быть определены из выходных файлов:».

Это говорит мне о том, что то, что я пытаюсь сделать, в настоящее время не поддерживается. Вот псевдо-пример того, что я пытаюсь сделать:

rule a:
    input: "my static file.txt"
    output: dynamic('my/path/{id}.txt')

rule b:
    input: dynamic('my/path/{id}.txt')
    output: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')

rule c:
    input: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')
    output: 'gather.txt'

Запуск snakemake с

rule all:
    input: dynamic('my/path/{id}.txt')

Работает без проблем, но когда я запускаю snakemake с помощью:

rule all:
    input: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')

Я получаю сообщение об ошибке: «Подстановочные знаки во входных файлах не могут быть определены из выходных файлов:»

Эта функция поддерживается? Кто-нибудь успешно сделал такую ​​цепочку? Какие соображения мне нужно принять во внимание?

Спасибо!

Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
0
614
1

Ответы 1

Это было решено путем удаления динамического оператора из правила b.

возможно ли иметь правило с динамическими и нединамическими выходными файлами?

Parsa 22.05.2018 10:42

У меня была аналогичная проблема, и я создал два правила: одно с динамическим и одно с нединамическим

Floris 22.05.2018 16:32

Другие вопросы по теме