Удаление нулевых значений из объекта массива mongodb

Вариант 1. Использование конвейера агрегации внутри запроса update() с $filter:

db.collection.update({
 color: {
  $exists: true,
  $eq: null
 }
},
[
 {
  $addFields: {
   color: {
    $filter: {
      input: "$color",
      as: "c",
      cond: {
        $ne: [
          "$$c",
          null
        ]
      }
    }
   }
  }
 }
],
{
 multi: true
})

Объяснение:

1. Соответствовать только документам, в которых существует цвет массива и содержится хотя бы одно нулевое значение.
2. Замените массив цветов таким же без нулевых значений
3. Добавьте {multi:true} для применения ко всем найденным документам.

детская площадка

Вариант 2. Удалить все нулевые элементы в массиве цветов с помощью $pull:

db.collection.update({
 color: {
   $exists: true,
   $eq: null
 }
},
{
 $pull: {
   color: null
}
},
{
  multi: true
})

Объяснение:

1. Соответствует всем документам, имеющим массив цветов и хотя бы один нулевой элемент.
2. Удалить ( $pull ) все элементы массива нулевого цвета
3. Применить ко всем совпавшим документам ( multi:true )

детская площадка

Я бы использовал вариант 2, так как он выглядит просто, но в некоторых случаях для больших коллекций операция $pull может выполняться медленнее, поэтому лучше протестировать...